Lee Gir Won: Library

레이블이 Library인 게시물을 표시합니다. 모든 게시물 표시

토요일, 9월 07, 2019

Nextera DNA Flex는 모지?

이번글은 그냥 둘러보다가 알게된

일루미나에서 새로 나온듯한 Library Kit에 대해서 한번 알아보겠습니다.

모 나온지는 1-2년된듯한 라이브러리 Kit같습니다.

일루미나 라이브러리에 TruSeq이라는 라이브러리 킷외에 Nextera라는 라이브러리 킷이 하나더 있었다는건 나 좀 시퀀싱 읆어봤다 하시는 분이라면 다 알고 계실겁니다.

Nextera가 TruSeq과의 큰 차이점이라고 한다면 fragmentation과 tagging이 Transposome이라는 짜르고 붙이는 기능이 포함되어 있는 효소를 가지고 한다는 점일 겁니다.

지금까지 제가 알고 있었던 Transposome이 라는 녀석이 하단의 fig 2. 처럼 작동해서 fragmentation의 size가 broad하다는 것으로 알고 있었는데...

출처: Nextera DNA Library Prep Kits Data Sheet

그런데 최근 Nextera Library Kit에다가 재미있는 방법을 결합시켜서 이전보다 fragmentation과 tagging 작업을 더 효율적으로 바꾼것 같아보이네요

Bead-linked Transposome 바로 BLT 되겠습니다.

맛있겠다. 출처: 맥도널드 홈페이지

이게진짜 BLT 출처: 일루미나 홈페이지

Bead에 Transposome 를 붙여놓고 거기다가 DNA를 넣어서 슥하고 자르고
삭하고 PCR primer를 붙여버린다는...
물론 transposome의 단점은 그대로 가지고는 있다능
fragment size가 일정하지 않은데, 그리고 추가적으로 양쪽에 PCR primer가 각각 있어야되는데 그렇지 않은 애들은?
(그럼에도 불구하고 팔아먹고는 있네요.. ㅎㅎ )

그래도 이전 방법보다는 fragment size가 조금더 일정하게 나오지 않을까하는
그리고 사람 손은 한번은 덜 타니깐 조금은 나은 방법으로 발전하는게 아닌가 하고 생각은 드네요 ㅎㅎ

출처: @sana_twice.09

목요일, 3월 22, 2012

Linux에서 R Library 설치

Windows가 아닌 Linux에 ssh로 접속해서
R 라이브러리를 설치하거나 업데이트 하는 경우

>packageStatus()
--원하는 CRAN mirror를 선택한다
개인적으로 Thukuba를 선호한다.
근래 Beijing이나 Guangzhou도 선호한다.
>update.packages(ask=FALSE)
-패키지 설치시 확인을 안한다., 이거 언제 'y' 누르고 있어..;;

Bioconductor 설치 및 업데이트
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite() //biocLite(groupName="all")
>update.packages(repos=biocinstallRepos(),ask=FALSE)

Monograph 설치 및 업데이트
[Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor] 의 예제를 하기위해 필요한 Library를 한번에 설치 할 수 있음.
>source("http://bioconductor.org/getMonograph.R")
>getMonograph()

Sequence Analysis 관련 설치
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("ShortRead")

High Throughput Assays 관련 설치
>source("http://bioconductor.org/getMonograph.R")
>biocLite("flowCore")

RAN-seq 분석 관련 설치
>source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("DESeq")

일반 패키지 설치시 명령어
>install.packages("packages name")
-패키지 설치시 필요한 패키지가 더 있으면 알아서 설치

수요일, 3월 21, 2012

Python 64Bit Library

예전에는 라이브러리를 사용하는데 있어서
요구되는 라이브러리들의 버전만 체크하면 되는데
요즘 64bit OS들이 널리 퍼지면서(본인 또한 64bit OS만 쓴다는.. 쿨럭...)
버전 체크 뿐만 아니라 bit확인도 해주어야 한다.

그런데 python을 사용하다 보면 32bit 버전 라이브러리는 홈페이지에서
다운받기 쉬운데 64bit 버전 라이브러리는 좀처럼 찾기 쉽지 않은 것들이 있다.

google 검색하다보니 다음과 같이 64bit용 python 라이브러리를
모아둔곳이 까먹기 전에 게시~ :)

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/