2019-nCoV Tree 그려보기 -End-

지난번 2번째 글에서는 NCBI에서 genbank파일을 다운로드 받아서 python script로 어쩌구 저쩌구하면 2019-nCoV 서열을 모을 수 있다고 했는데요...

2019-nCoV관련 더 많은 정보들을 확인하시려면 gisaid라는곳에서 서열 을 받으시면 되겠습니다.

gisaid.org

현재(2020년 2월 8일) 76개 서열이 업로드되어 있고 그중 complete genome이 아닌 몇개가 있어서 대략 70개의 서열이 업로드되어 있다고 보시면 되겠습니다.

(아.. 아래 화면은 당연히 회원가입 해야 확인 할 수 있습니다.)

여기서 몇몇 1번 서열들을 다운로드해서 테스트 해보도록 하겠습니다. (최근에 KCDC에서 발표한 서열도 포함하였습니다.

그럼 MEGA-X를 수행하기 전에 서열 정렬 프로그램으로 mafft를 사용하도록 하겠습니다.
(muscle도 좋은데 mafft가 더 빨라서... 빠르다고 좋은건 아니지만 어차피 dna서열 MSA방법이 손꼽는 특정 프로그램이 없는 관계로.. clustalw, clustalo, muscle, tcoffe, mafft 정확히는 protein 서열 정렬이 주특기이고 protein 서열 정렬이 더 의미가 많...)

여하튼.. 그래서

>mafft.bat --auto 2019-nCoV_10ea.fasta > 2019-nCoV_10ea.mafft.fasta

한 결과를 MEGA-X에서 열어보면 이렇게!!

몬가 잘 서열이 잘 정렬 된것처럼 보이죠

Phylogenetic Analsis를 클릭하고, Confirmation창이 하나 뜨는데 저는 No 선택합니다. 이 서열은 전체 genome이지 coding하는 서열이 아니라서.. (물론 coding되는 서열들입니다. ㅎㅎ)

그리고 난 후

MEGA-X 실행 화면에서 PHYLOGENY 선택하고,

5가지방법중 맘에 드시는거 선택해서 작업하시면

진행바가 죽죽 진행되면서

짠하고 다음과 같이 Tree가...

이렇게 그려집니다.

다음번에 기회되면 Tree 그릴때 사용되는 방법에 대해서 공부해서 작성해보는 기회가 있기를 바래보며... 

2020년 새해 벽두 (설날기준)부터 전세계를 공포로 몰아넣고 있는 2019-nCoV Tree그리기를 마무리 하도록 하겠습니다. :)

출처: @sana_twice.09

2019-nCoV Tree 그려보기 -2-

2019-nCoV Tree 그려보기 1편에서 어라?
실망하셨던분들을 위해 준비한 2편 되겠습니다.

일단 일전에 말씀드린것과 같이 NCBI 홈페이지가서 다음과 같이 genbank파일을 입맛에 맞게 받으시면 되겠습니다.

refseq말고 다 받고 싶으시면 다 받으셔도 되요.

[Create File] 버튼을 클릭하시면 sequences.gb? 라는 파일로 다운로드가 될것입니다.
(사실 fasta파일로 받으셔도 상관은 없는데... genbank파일로 받으시는게 나중에 더 많은 일을 하실 수가 있으십니다.)

(20년 2월 3일 기준 coronavirus nucleotide 서열 다받으니 대략 300M정도 나왔습니다.)

그럼 이 파일가지고 어쩌라고?
라떼는 fasta파일 가지고.. 어? 마? 그랬는데?
그래서 준비했습니다. gb파일을 fasta파일로 만들어주는 바로그 스크립트!

import os,sys
from Bio import SeqIO
inFile = 'sequences.gb'
for rec in SeqIO.parse(inFile, "genbank"):
seq_id = rec.id
seq_name = rec.name
seq_desc = rec.description
seq_seq = rec.seq
print '>{}|{}\n{}'.format(seq_name,seq_desc,seq_seq)

이렇게 하면 다운바은 sequences.gb파일의 nucleotide 전체 서열을 fasta파일로 만들어주게 됩니다. 만약 나는 다 필요없는데... 하시는 분은
print 전에 if문 넣어서 특정 seq_name의 서열들만 혹은 seq_desc안에 특정 문자열.. 예를 들어 wuhan과 같은 내용이 있는 서열들만 선별해서 fasta파일로 만들 수 있습니다.
참 쉽죠?

그럼 다음 이시간에는 MEGA-X를 사용하는 방법을 얘기해보도록 하겠습니다. 제발~

출처: @sana_twice.09

2019-nCoV Tree 그려보기 -1-

2020년 정월 초하루가 얼마 지나지 않은 나날 동안 한중일이 아닌 전세계가 코로나 바이러스 때문에 홍역을 치르고 있습니다.

초기 방역로 이렇게 급속도로 전세계로 퍼져나가 감염자 및 사망자가 증가하고 있는 가운데 이 짧은 기간 동안에 다양한 연구 결과들이 나오고 있는데...

신종코로나 바이러스 논문들을 보고 있노라면 정렬을 왜그리 해대는지 그리고 무슨 나무를 왜그렇게 그려대는 걸까? 라는 궁금증을 가지시는 분들이 있을 것이라고 생각해서 그런게 무엇인지 그리고 나는 그려볼 수 없는지 하시는 분들을 위해서 MEGA를 이용한 corona virus phylogenetic tree를 한번 그려보고자 합니다.

이거대로 따로하면 당신도 tree 전문가(는 아니고 그냥 tree draw skill +1)

연구자들이 NCBI에 서열들이 올라와 있다고 얘기를 하고 서열들을 서로 비교한다는데
그럼 NCBI는 어떻게 접속하고 서열들은 어떻게 받지?

NCBI는 구글에 물어봐도 되고 네이버에 물어봐도 됩니다.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

여기에 그냥 검색하듯 coronavirus를 검색하면 다음과 같이 나오는데..

이걸 어떻게 받나?
하나하나 집념으로 다운받으셔도 되고요...

다음과 같은 방법도 있습니다.

아까의 화면에서 Viruses, genomic, RefSeq 항목을 클릭해주면 해당 항목을 만족하는 서열들만 선택이 됩니다.

그리고 오른쪽 상단에 있는 Send to: 라는 항목을 클릭하면...!!
다음 이미지에 나와 있는것처럼 다운 받으시면 되겠습니다.

다운로드한 genbank파일을 parsing해서 비교해보고 싶은 부위의 서열을 득해서
MEGA라는 프로그램을 다음 url(https://www.megasoftware.net/)에서 다운로드 받아 설치한 후 입력한후 서열 정렬 및 Tree 작업을 해주면...

요렇게 이뿌게 Tree를 만들어 줍니다.

이렇게 포스팅을 끝내면 저게 모야? 라고 쌍욕을 날리실겁니다!

그래서 Tree 그릴때 필요한 서열을 수집하는 작업과 관련 스크립트에 대해서도 자세히 적어보는 글은 조만간 투척하도록 하겠습니다. :)

출처: @sana_twice.09