2019-nCoV Tree 그려보기 -2-

2019-nCoV Tree 그려보기 1편에서 어라?
실망하셨던분들을 위해 준비한 2편 되겠습니다.

일단 일전에 말씀드린것과 같이 NCBI 홈페이지가서 다음과 같이 genbank파일을 입맛에 맞게 받으시면 되겠습니다.

refseq말고 다 받고 싶으시면 다 받으셔도 되요.

[Create File] 버튼을 클릭하시면 sequences.gb? 라는 파일로 다운로드가 될것입니다.
(사실 fasta파일로 받으셔도 상관은 없는데... genbank파일로 받으시는게 나중에 더 많은 일을 하실 수가 있으십니다.)

(20년 2월 3일 기준 coronavirus nucleotide 서열 다받으니 대략 300M정도 나왔습니다.)

그럼 이 파일가지고 어쩌라고?
라떼는 fasta파일 가지고.. 어? 마? 그랬는데?
그래서 준비했습니다. gb파일을 fasta파일로 만들어주는 바로그 스크립트!

import os,sys
from Bio import SeqIO
inFile = 'sequences.gb'
for rec in SeqIO.parse(inFile, "genbank"):
seq_id = rec.id
seq_name = rec.name
seq_desc = rec.description
seq_seq = rec.seq
print '>{}|{}\n{}'.format(seq_name,seq_desc,seq_seq)

이렇게 하면 다운바은 sequences.gb파일의 nucleotide 전체 서열을 fasta파일로 만들어주게 됩니다. 만약 나는 다 필요없는데... 하시는 분은
print 전에 if문 넣어서 특정 seq_name의 서열들만 혹은 seq_desc안에 특정 문자열.. 예를 들어 wuhan과 같은 내용이 있는 서열들만 선별해서 fasta파일로 만들 수 있습니다.
참 쉽죠?

그럼 다음 이시간에는 MEGA-X를 사용하는 방법을 얘기해보도록 하겠습니다. 제발~

출처: @sana_twice.09