분석 Tool 벤치마킹 자료 찾다가 얻어걸린 논문되겠습니다.
음.... 좋게 이야기해서 당시(약 8년전) 태동하고 있었던 NGS 실험을 하려고 하는데 NGS 데이터를 생산하는 것도 고가였고, 생산만 하면 끝나는 것이 아닌 이후 전처리 및 여러 단계의 분석을 해야지 내손에 엑셀 파일남는 그런것을 함부로 할 수 있겠냐!!! 라는 생각으로 in-silico로 가상의 데이터 만들어서 어떤 NGS 기술로 실험하는것이 나에게 알맞는지 먼저 확인해보자!! 를 수행하기 위해서 가상의 데이터를 만들어주는 tool중 어떤 것을 사용해야지 적절한지 비교해본 논문되겠습니다.
그냥 쉽게 얘기해서 NGS 플랫폼 별로 가라 데이터 만들어주는 tool 비교 논문 되겠습니다.
지금은 굉장히 저렴해지긴 했지만 이 논문이 나올 당시만해도 NGS 장비도 그렇고 시약도 그렇고 귀엽지 않았기 떄문에 이런 가라 데이터를 만들어주는 tool도 NGS 플랫폼에 따라 최적의 tool을 사용해야 하는 시절이었나 봅니다. (2016년이면... 나는 그러지 않았던 것 같은데... )
사실 당시에는 못먹어도 ILMN 아니었겠습니다.
지금은 아묻따 ONT!!!
여튼 논문 제목은 A comparison of tools for the simulation of genomic next-generation sequencing data. 이고
doi는 10.1038/nrg.2016.57
입니다.
그래서 gemini와 clova-x에게 시켜보았습니다.
gemini
최근 게놈 차세대 시퀀싱 (NGS) 데이터를 분석하는 데 사용되는 다양한 도구와 방법들이 개발되었습니다. 이러한 도구와 방법의 성능을 평가하기 위해서는 실제 NGS 데이터를 사용하는 것이 가장 이상적이지만, 이는 항상 가능하거나 윤리적인 것은 아닙니다.
따라서 시뮬레이션 NGS 데이터를 생성하고 사용하는 것이 유용한 대안이 될 수 있습니다.
시뮬레이션 NGS 데이터 생성 및 평가의 장점:
실제 NGS 데이터를 사용할 수 없는 경우에도 도구와 방법을 평가할 수 있습니다.
다양한 시나리오를 생성하여 도구와 방법의 강점과 약점을 파악할 수 있습니다.
데이터 세트의 크기와 복잡성을 제어할 수 있습니다.
윤리적 문제를 피할 수 있습니다.
시뮬레이션 NGS 데이터 생성 및 평가의 단점:
실제 NGS 데이터의 복잡성을 완벽하게 반영하지 못할 수 있습니다.
시뮬레이션 도구에 대한 편향이 발생할 수 있습니다.
시뮬레이션 데이터를 생성하고 분석하는 데 시간과 노력이 많이 소요될 수 있습니다.
결론:
시뮬레이션 NGS 데이터를 생성하고 평가하는 것은 NGS 도구와 방법을 평가하는 데 유용한 방법이 될 수 있지만, 몇 가지 제한 사항이 있습니다. 시뮬레이션 데이터를 사용하기 전에 이러한 장단점을 신중하게 고려해야 합니다.
추가 고려 사항:
시뮬레이션 도구를 선택할 때는 요구 사항, 사용 편의성 및 사용 가능한 리소스를 고려하는 것이 중요합니다.
시뮬레이션 데이터는 실제 NGS 데이터와 가능한 한 유사하게 생성해야 합니다.
시뮬레이션 데이터를 사용하여 도구와 방법을 평가할 때는 시뮬레이션 도구에 대한 편향을 고려해야 합니다.
clova-x
최근에는 컴퓨터 시뮬레이션을 통해 genomic data를 평가하고 검증하는 것이 biological models을 평가하고 이해하는 데 점점 더 중요해지고 있습니다. 이에 따라, 다양한 NGS 데이터 시뮬레이션 도구가 개발되어 사용되고 있습니다.
이 연구에서는 다양한 NGS 데이터 시뮬레이션 도구를 비교 분석하여, 각각의 도구의 장단점을 파악하고, 최적의 도구를 선택하는 것을 목표로 합니다. 이를 통해, 연구의 효율성과 신뢰성을 향상 시킬 수 있습니다.
NGS 데이터의 시뮬레이션을 통해 실험 계획, 가설 검증, 벤치마크 도구 등을 제작할 수 있습니다. 이를 통해 연구의 효율성을 높이고, 원하는 결과를 얻을 수 있는 가능성을 높일 수 있습니다.
이 연구의 의의는 NGS 데이터의 시뮬레이션을 통해 연구의 효율성과 신뢰성을 높일 수 있다는 것입니다. 다양한 도구를 비교 분석하여 최적의 도구를 선택할 수 있는 가이드를 제공한다는 점에서 큰 의의가 있습니다.
오늘은 gemini 답변이 조금 더 성의 있어 보이네요. clova-x는... 담에 좀 성의있게 질문을 해보도록 하겠습니다.
결론은 이제는 이런거 하지 마시고 그냥 일단 아묻따 NGS 고고
in-silico로 가라 데이터 만들어서 테스트 해보겠다고 하는 사이에 경쟁자들은 실험 디자인해서 실험하고 논문쓰고 しまい 합니다.
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| 출처: @ye._.vely618 |
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