GFF3에서 유전자 개수가 몇개인지 궁금할때?

요즘 de novo를 다루는 관계로
assembly 후 gene prediction 할 때 지난번에 포스팅 했던 maker를 사용하는 일이
빈번하다.

maker 결과 중 gff3 type (이 gff/gtf 파일의 형식이.. 버전마다 상이해서... 물론 본인은 차이점은 잘 모르겠다는게 문제.. 여하튼 다르다고 하니...)으로도 파일이 생성되는데
이 파일을 분석에 사용하시라고 분석자에게 보내드렸는데..
안타깝게도 gff 파일이 처음이셨던듯하다.
그런 분에게 gff파일을 보낸 내가 잘못했지만...
gff파일에서 유전자개수를 잘못 알고 계신 관계로.. ㅋㅋ
(지금까지 그렇게 알고 계시면 큰 낭패인데...)

여하튼..
gff파일에서 유전자 개수를 세시는데
$wc genome.gff
하신 듯.. (다르게 하면 그 숫자가 안나오고 wc하면 언급한 숫자가 나온다)

그래서 간단하나마 gff 파일에서 유전자 개수 세기를
언급하고자 한다.
대충 숫자만을 알고 싶다면 굳이 스크립트 필요없다.
$cut -f 3 genome.gff | grep gene | wc

자 이러면 유전자 개수를 알 수 있다.

다음부터는 wc만 하지 않길 바라는 간절한 마음뿐...

Maker란

Maker는 Gene annotation 작업을 하는 pipeline으로 EVM과 함께 많이 사용된다고 합니다.

요즘같이 자고일어나면 DNA sequencing 가격이 계속 떨어지는 세상에서는 많은 연구자들이 de novo sequencing을 하여 생명체의 genome을 확보하기가 몇년전과 비교해보더라도 확연하게 쉬워진것을 알 수 있습니다.

그래서 이런 gene annotation tool들이 필요해졌죠
genome sequence만 있어서는 알수 있는게 별로 없으니깐요
생명체 안에서 일을하는 것은 단백질이고 그것을 만들 설계도는 gene이니
내가 sequencing해서 genome을 가지고 있다고 해서 연구 끝이 아니라는 얘기.. :)

근데 왜 EVM이 아니라 Maker를 언급하는걸까요?
걍 제가 써봤으니깐 언급한 겁니다. 다른 이유는 딱히 없습니다. ㅎㅎ :)

Maker의 경우 장점이라고 할 수 있는게
genome의 repeat masking을 pipeline에서 해준다는거 정도? 꼽을 수 있겠습니다. :)

그거 말고는 EVM이랑 비슷한듯 합니다.
Annotation 결과 품질이나 알고리즘면으로는 모...
알수가없으니..
단점은 홈페이지가 심심하면 다운된다는 정도?? ㅎㅎ

그럼 Maker를 믿을 수 있겠느냐?
그래서 한번 확인해 봤습니다.

중고등시절 들어봤을 플라나리아
그리고 애국가에도 나오는 소나무(종이 좀 다를듯합니다. ㅋ)
최재천 교수님께서 좋아하시는 개미 몇종.. 등등
GMOD 사이트를 방문하시면 확인 하실 수 있습니다.

다음에 기회가 된다면
좀더 경험을 해 본 다음에..
더 좋은글로 찾아뵙겠습니다. :)



ps. GMOD에서 NESCent라는 곳에서 매년 Gene Annotation 관련된 school이 열리는 듯 합니다. 2013년 써머스쿨은 지나갔고 관심있으시고 여력이 되신다면 한번 참석해보시는 것도 나쁘지 않을 듯 합니다 :)