간만에 RNAseq을 손에 뭍혀봅니다.!! :)
여러가지 Tool을 조합해서 일단 해보고 좋은 놈 골라 쓸 생각이라서
여러 aligner와 abundance tool을 사용할 예정입니다.
그래서 오늘은 서버에 설치된 프로그램 유무 확인 및 업데이트를 해봐야겠습니다. Orz
그래서 오늘 설치편되겠습니다.
오랜만에 작업하는것이라 잘 될지 모르겠습니다. ㅋ
사실 이건 그냥 스킵하셔도 됩니다.
그냥 제 작업 로그 남기는 거거든요 ㅎㅎ :)
bwa (https://github.com/lh3/bwa, 2019.02.27 기준 0.7.17)
$ git clone https://github.com/lh3/bwa.git
$ cd bwa
$ make
hisat2 (https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml, 2019.02.27 기준 2.1.0)
$ wget http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/dl/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
$ unzip isat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
STAR (https://github.com/alexdobin/STAR, 때마침 2019.02.25일에 업데이트 ㄷㄷ)
$ wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.7.0e.tar.gz
$ tar -xzf 2.7.0e.tar.gz
$ cd STAR-2.7.0e
StringTie (https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/ 2019.02.27 기준 1.3.5)
$ wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.5.Linux_x86_64.tar.gz
$ tar zxf stringtie-1.3.5.Linux_x86_64.tar.gz
$ cd stringtie-1.3.5.Linux_x86_64
HT-Seq (https://github.com/simon-anders/htseq, 2019.02.27 기준 0.11.0)
$ pip install HTSeq혹은
$ pip install 'HTSeq==0.11.0'혹은
$ easy_install 'HTSeq==0.11.0'
Kallisto (https://pachterlab.github.io/kallisto/, 2019.02.27 기준 0.45.0)
$ wget https://github.com/pachterlab/kallisto/releases/download/v0.45.0/kallisto_linux-v0.45.0.tar.gz
$ tar zxf kallisto_linux-v0.45.0.tar.gz
$ cd kallisto_linux-v0.45.0
Salmon (https://combine-lab.github.io/salmon/, 2019.03.04 기준 0.12.0)
$ wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.12.0/salmon-0.12.0_linux_x86_64.tar.gz
$ tar zxf salmon-0.12.0_linux_x86_64.tar.gz
$ cd salmon-0.12.0_linux_x86_64/bin
일단 설치는 여기까지,
옛날에는 컴파일하느라 설치가 반이었는데
요즘은 걍 컴파일이 잘 되어 있어서 ㅎㅎ :)
다음 포스팅은 reference 생성 내용입니다. ㅋ
-별거 없습니다. :)
출처: JYP |