genpept 파일을 parsing하고 싶을때

genpept는 무슨 파일인고?

자세한 설명은 >여기<

간단히 얘기하자면 예전에 사용하셨던 genbank 파일 포맷입니다.
이름만 바꾼건지 모 그렇습니다. ㅎㅎ
biopython에서도 genpept가 아니라 genbank를 사용해서 접근하면 잘 parsing됩니다.

import os,sys
from Bio import SeqIO
try:
    inFile = sys.argv[1]
except:
    print ''
    exit(1) 

for seq_record in SeqIO.parse(inFile, "genbank"):
    print (seq_record.id)
    print (seq_record.name)
    seq_anno = seq_record.annotations
    print (seq_anno['accessions'])
    print (seq_record.seq)

이렇게 코드 짜서 사용하시면 됩니다. annotations안의 정보는 dict형식이라서 dict사용하는방식으로 확인 할 수 있습니다.

간만에 gp파일 다운받아서 정리하는 김에 biopython의 genbank 사용법 정리해보았습니다.  :)

크.. WSL이 있으니 참 편하긴 합니다.

출처: @sana_twice.09