Sunday, June 15, 2014

CD-HIT 사용하기


CD-HIT
site: cd-hit site

초간단하게 말하자면
서열들끼리 alignment해서 서로 겹쳐지는 서열이면
제일 긴 서열을 대표로 해서 중복되는 서열 제거하자 이런 거..

근데 -T 옵션을 사용해서 여러 thread를 사용할 수 있는데
"multi-threading with OpenMP is NOT Enable!!"
이라는 안내문구가 나오고 single cpu로만 된다는....

그래서 왜 그렇지 하고 OpneMP가 설치안됐나?했지만
역시나 잘 설치되어있고..

결론은 make할때 openmp=yes 하며 된다는.. :)



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