Saturday, November 30, 2013

GFF3에서 유전자 개수가 몇개인지 궁금할때?



요즘 de novo를 다루는 관계로
assembly 후 gene prediction 할 때 지난번에 포스팅 했던 maker를 사용하는 일이
빈번하다.

maker 결과 중 gff3 type (이 gff/gtf 파일의 형식이.. 버전마다 상이해서... 물론 본인은 차이점은 잘 모르겠다는게 문제.. 여하튼 다르다고 하니...)으로도 파일이 생성되는데
이 파일을 분석에 사용하시라고 분석자에게 보내드렸는데..
안타깝게도 gff 파일이 처음이셨던듯하다.
그런 분에게 gff파일을 보낸 내가 잘못했지만...
gff파일에서 유전자개수를 잘못 알고 계신 관계로.. ㅋㅋ
(지금까지 그렇게 알고 계시면 큰 낭패인데...)

여하튼..
gff파일에서 유전자 개수를 세시는데
$wc genome.gff
하신 듯.. (다르게 하면 그 숫자가 안나오고 wc하면 언급한 숫자가 나온다)

그래서 간단하나마 gff 파일에서 유전자 개수 세기를
언급하고자 한다.
대충 숫자만을 알고 싶다면 굳이 스크립트 필요없다.
$cut -f 3 genome.gff | grep gene | wc

자 이러면 유전자 개수를 알 수 있다.

다음부터는 wc만 하지 않길 바라는 간절한 마음뿐...




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