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수요일, 7월 02, 2025

사배체식물의 전사체 조립, 누가누가 잘하나

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오늘은 식물 어셈블러, 그 중에서도 전사체 어셈블러 tool에 대한 논문을 가져와봤습니다. 제목은 Comparing de novo transcriptome assembly tools in di- and autotetraploid non-model pl...
일요일, 11월 12, 2023

Long Read Sequencing을 전적으로 믿으셔야 합니다.

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항상 느끼는것이지만 사람들은 익숙한것에 익숙하다는... 물론 이 글을 쓰는 본인도 별반 차이 없다는게 현실 그럼에도 불구하고 세상에는 익숙한것을 거부하고 한 걸음 나아가는 분들이 있어서 발전한다는... 오늘은 유전체분야에서 다들 익숙한 짧은길이의 시퀀...
금요일, 10월 27, 2023

롱리드 시퀀싱을 쓰지 않을 이유가 있는가?

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이번 논문은 제가 참여한 논문입니다.. 흠흠.. 이름하여 Two long read-based genome assembly and annotation of polyploidy woody plants, Hibiscus syriacus L. using Pa...
수요일, 7월 20, 2022

Long Read 조립은 누가누가 잘하나

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Piroplasm를 나노포어를 사용하여 genome project를 진행했고 나노포어를 활용한 assembler들에 대한 성능 비교 논문 되겠습니다. 제목은 Systematic Comparison of the Performances of De Novo...
일요일, 5월 03, 2020

Long Read Assembler 설치 작업 로그

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오랜만에 작업 로그용 글입니다. :) Long Read(aka Nanopore)를 위한 assembler의 설치에 대한 로그로... 모 그렇게 자주 사용 될일이 없을것 같지만.. 그래도.. root권한 또는 sudo권한이 없는 상황을 가정하고 ...
화요일, 2월 14, 2017

A5 pipeline

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논문:  An Integrated Pipeline for de Novo Assembly of Microbial Genomes 다년간 Non にんげん  denovo aseembly를 하다보니 별별 라이브러리 조합을 만나 봤는데 A5 파이프라인이 ...
월요일, 4월 04, 2016

Long-read sequence assembly of the gorilla genome

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서부저지고릴라(Western Lowland Gorilla, Gorilla gorilla gorilla ) 중 하나인 Susie의 genome이 PacBio를 이용해서 좀더 high resolution으로 만들어졌다는 아름다운 논문입니다. Long-...
금요일, 7월 12, 2013

Velvet으로 Assembly하기

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결론은 de novo 는 흠좀무라는... ㅋㅋ species가 무엇이 되던간에 말입니다. ㅎㅎ 요즘 몇몇 곰팡이를 조립중에 있는데 SOAPdenovo, Velvet, SPAdes, SSPACE를 중점적으로 사용하고 있습니다. ALLPATH...
토요일, 9월 01, 2012

Velvet 사용 Tip

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작년부터 NGS, NGS 해서 한두번쯤은 많은 NGS 프로그램들을 들어보셨을 것이고 조금이라도 관련되어 있는 일을 하시는 분이라면 이미 많이사용해 보셨을 것이라고 생각됩니다. 오늘은 그중에서 Velvet, sequence assembly 프로...