Friday, March 31, 2017

nanonet 사용법


Nanonet Git Hub

Nanopore MinION raw 데이터인 fast5에서 2D read 추출하려고 하는데
nanopore로 검색하면 나오는 poretools, nanopolish, nanook들을 사용했음에도
어느하나 2D 서열을 추출 못하고 있어서 전전긍긍하고 있을때

혜식처럼 나타나는 그분이 알려주신 바로 그 tool!!

nanonet되시겠습니다.

우선 CPU기반으로 사용하였습니다. nanonet은 GPU도 지원하고 있는데
GPU로 하였을때 CPU기반으로 돌렸을 때 확인되던 2D가 나오지 않았다능..

일단 어쩔수 없지만 cpu기반으로 수행

fastq로 저장을 해보자!
$nanonet2d --fastq --jobs 8 --chemistry r9.4 pass output.r94

fasta로 저장을 해보자!
$nanonet2d --jobs 8 --chemistry r9.4 pass output.r94

다른 tools들과 다른 점은 chemistry버전을 선택할 수 있는 것과 무엇인지 모르겠지만 간지나 보이는 trmplate와 complement의 model 선택 옵션
그리고 이를 뒷받침하듯이 nanonettrain명령어도 있고....
poretools같은 일반적인 tools이 안먹힐때는 nanonet도 한번 사용해 보시기 바랍니다. ;)

No comments: