Friday, March 23, 2012

hmmer Manual

Blast와 함께 보편적으로 사용되는 Hmmer에 대한 설명서
hmmbuild/ hmmcalibrate/ hmmsearch에 대해서 설명
-물론 제가 사용하는 옵션에 대해서만 blast만큼 많지 않음. default로 사용해도 문제가 없으니깐~ 문제를 모르는것일 수도.. ㅎㅎ


hmmbuild: hmm matrix 만들어 줌
hmmbuild [-options] <hmmfile output> <alignment file>

-F 기존에 동일 이름의 hmm파일이 있으면 삭제하고 새로 만듬. 이 옵션 설정 안해주면 hmmbuild 아예 실행안됨.
ex) hmmbuild -F your_file.hmm your_file.aln


-f/ -g/ -s algorithm styles을 설정하는 옵션 이번에 사용하면서 이런 옵션을 처음 봤습니다. 왠지 hmm 멋져보이는 이유는.. ㅋ
ex) hmmbuild -f your_file.hmm your_file.aln


--amino/ --nucleic 강제로 alignment file이 어떤 서열인지 알려주는 것입니다.
ex) hmmbuild --amino your_file.hmm your_file.aln


-sequence weighting strategies
- model construction strategies
위의 무엇인가 고급스러운 것을 최대한 안건드리면 사용하는게
제 생활신조입니다. default인 이유는 그런 이유가 있을 것이다 라는.. ㅋ
개인적으로 잘 아시는 분만 선택해서 사용하시면 됩니다.
사용방법은 옵션을 그냥 적어주시면 됩니다.
ex) Alternative model construction strategies중 --fast 옵션 사용
      hmmbuild --fast your_file.hmm your_file.aln


hmmcalibrate: 만들어진 hmm matrix를 보정 시켜줌
hmmcalibrate [-options] <hmmfile>
--cpu: 프로그램 수행에 사용할 cpu 갯수 설정, 멀티 코어의 경우 가능. 단, 컴파일 및 바이너리 파일을 받을때 cpu옵션이 on 되어 있는 것을 받아야 사용 가능

--seed: hmmcalibrate를 몇번 수행할것인지 설정 하는 옵션 인듯.

본인의 hmmcalibrate 사용 예

ex) hmmcalibrate your_file.hmm



hmmsearch: 만들어진 hmm 파일을 이용해서 유사한 서열을 찾음.
hmmsearch [-options] <hmmfile> <sequence file or database>

-A <n>: 상위 n개 까지만 출력
-E <x>: blast의 e-value cutoff와 같은 것
-T/ -Z옵션도 안좋은 값을 짤라내기 위한 옵션

--cpu : 프로그램 수행에 사용할 cpu 갯수 설정, 멀티 코어의 경우 가능. 단, 컴파일 및 바이너리 파일을 받을때 cpu옵션이 on 되어 있는 것을 받아야 사용 가능

 --domE <x> / --domT <x>
위의 -T/ -Z의 옵션과 같이 도메인에서 필터링 하는 옵션인듯. 사용 안해봤음. ^^
<sequence file or database>는 fasta format 파일이면 사용 가능함.

본인이 으레 쓰는 방법임. hmmsearch 결과는 '>'로 빼주면 됨.

ex) hmmsearch -E 0.001 your_file.hmm your_database.fasta > result.output


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