Lee Gir Won

SILVA 는  de.NBI  가 뒷배인 DB로 지속적으로 업데이트되고 있는 DB중 하나입니다. 서열 개수도 아마 가장 많을 것으로 생각됩니다. 대신에 그만큼 정리가 가장 안되어 있기도 합니다. ㅋ -사실 이정도 양의 서열에 저정도 수준을 갖...

QIIME2이후 새로운 녀석이 나타났다!! silvangs 음.. 왠지  MG-RAST 대항마로 나온듯 MG-RAST야 분석 파이프라인만 제공하는것에 반해 silvangs의 경우 막강한 16S rRNA DB를 탑재하고 있으니.....

블로그에 쓰는 내용이 16S rRNA에 많이 집중되고 있긴하죠? ㅎㅎ 하는일이 이거다보니.. :) 여튼 오늘은 16S rRNA와 시퀀싱플랫폼에 대해서 잠시 이야기 하도록 하겠습니다. 최근 16S rRNA sequencing의 최강자 454가 ...

근래 microbiome데이터를 다루면서 16s rRNA db 사용에 대해서 확인을 하고자 데이터가 꽤나 많은 그리고 non-academic의 경우 fee도 지불하는 silva를 qiime의 default db인 greengene과 한번 비교를 해...