Lee Gir Won
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토요일, 7월 29, 2023
왕의 귀환, greengene2
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어이쿠... 기억속에 잊혀져 있던 database가 우리 곁으로 다시 돌아왔네요 옛날에 metagenome 한번 해봤으면 썼었던 바로 그 db, greengene이 버전업 해서 greengene2으로 아래 논문으로 돌아왔습니다. Greengenes2 ...
토요일, 6월 18, 2022
mummer4, 미처 알아보지 못했다
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mummer는 서열 정열프로그램으로 꽤나 오래부터 사용되었던... NGS시대에 접어들면서 일반적으로 사용되지는 않고... Reference 제작할때 종종 쓰이는... MUMmer이라고 보통 쓰는데... MUM의 의미가 "Maximal Uniq...
금요일, 3월 01, 2019
간만에 RNAseq 분석 해보기 -Reference편-
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Alignment를 수행하기 위해서는 reference가 필요합니다. 모 어떤 alignment 툴에서는 그냥 genome 서열만 있어도 되지만 하이 쓰루풋 시퀀싱 데이터를 다룰 때는 대부분 genome 서열을 나름의 index를 새로 생성하게 ...
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