Lee Gir Won

나노포어를 이용해서 cell-free DNA의 메틸레이션 패턴을 분석한 논문이 있어서 한번 가져와봤습니다. 이름하여 " Detecting cell-of-origin and cancer-specific methylation features of...

오늘은 최근에 논란의 중심에 서 있는 claude3를 사용해보았습니다. Comparative analysis of alignment tools for application on Nanopore sequencing data 이 논문을 선택한 이유는 cl...

항상 느끼는것이지만 사람들은 익숙한것에 익숙하다는... 물론 이 글을 쓰는 본인도 별반 차이 없다는게 현실 그럼에도 불구하고 세상에는 익숙한것을 거부하고 한 걸음 나아가는 분들이 있어서 발전한다는... 오늘은 유전체분야에서 다들 익숙한 짧은길이의 시퀀...

Piroplasm를 나노포어를 사용하여 genome project를 진행했고 나노포어를 활용한 assembler들에 대한 성능 비교 논문 되겠습니다. 제목은 Systematic Comparison of the Performances of De Novo...

아니.. 2018년도에 이런 논문을 블로그에 keep놓고 그냥 놀고 있었다니.. 여하튼 눈에 띄어서 한편 사브작 하나 올려봅니다. 역시 일이 많을때 딴짓은 국룰이라는 명제를 증명하듯...... Long-read sequencing identified ...

2021년 첫 포스팅 시작합니다. :) 오늘은 de novo assembly관련된 tools 소개 글입니다. 모델 생물 혹은 그외의 생명체에 대해서 genome을 알고 싶다면... 그냥 절래절래 하거나 아니면 필요하거나 알고 싶은 부분만 클로닝해서 슬...

Nanonet Git Hub Nanopore MinION raw 데이터인 fast5에서 2D read 추출하려고 하는데 nanopore로 검색하면 나오는 poretools, nanopolish, nanook들을 사용했음에도 어느하나 2D 서열...

poretools doc사이트 poretools git url Oxford Nanopore 데이터 핸들링을 위한 tools중 하나로 현재 다양한 nano로 시작하는 tools들이 있긴 하지만 우선 이 tools을 먼저 살펴보았습니다. 이...

이제 옥스포드 나노포어 가 나온지 좀 됐죠? 롱롱롱 read도 시퀀싱(아직  accuracy 문제는 있긴 하지만..) 하고 시퀀싱 후에 듣보잡 서버에서만 쿵짝쿵짝했어야 수십기가 txt파일 받았었는데 이녀석은 내 데스크탑에서 usb꼽으면 빨강...