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화요일, 5월 14, 2024

롱리드냐 숏리드냐 그것이 문제로다! 그냥 둘 다 써!

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23년에 효모를 사용해서 여러 플랫폼 데이터의 어셈블리 성능을 테스트한 논문이 있어서 한번 가져와봤습니다. 제목은  A practical comparison of the next-generation sequencing platform and assem...
토요일, 4월 13, 2024

ONT, cfDNA 그리고 Methylation

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나노포어를 이용해서 cell-free DNA의 메틸레이션 패턴을 분석한 논문이 있어서 한번 가져와봤습니다. 이름하여 " Detecting cell-of-origin and cancer-specific methylation features of...
화요일, 2월 13, 2024

생명정보를 끄집어 내는 나노포어!!

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음.. 21년도에 옥스포드 나노포어에 관련하여 잘 설명한 글이 있었네요 " Beyond sequencing: machine learning algorithms extract biology hidden in Nanopore signal data...
금요일, 10월 27, 2023

롱리드 시퀀싱을 쓰지 않을 이유가 있는가?

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이번 논문은 제가 참여한 논문입니다.. 흠흠.. 이름하여 Two long read-based genome assembly and annotation of polyploidy woody plants, Hibiscus syriacus L. using Pa...
월요일, 2월 06, 2023

우리들의 Nanopore는 결핵균을 잘 시퀀싱하여 세계 공중 보건에 기여할 수 있을까?

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Evaluation of Nanopore sequencing for Mycobacterium tuberculosis drug susceptibility testing and outbreak investigation: a genomic analysis ...
수요일, 7월 20, 2022

Long Read 조립은 누가누가 잘하나

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Piroplasm를 나노포어를 사용하여 genome project를 진행했고 나노포어를 활용한 assembler들에 대한 성능 비교 논문 되겠습니다. 제목은 Systematic Comparison of the Performances of De Novo...
일요일, 4월 26, 2020

Benchmarking of long-read assemblers for prokaryote whole genome sequencing

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나노포어는 현존하는 시퀀서중에 가장 긴 서열을 뽑아내는 시퀀서임에는 그 누구도 부인하지 못할것입니다. 근데.. 생산된 리드의 각 base의 phred score 를 보자면.. 왜 갑자기 눈에서 물이나오는 이유는 왜때문일까요? (그렇지만 저는 de-n...