Lee Gir Won

오늘은 21년도에 출판된 좀시간이 됐지만 그렇다고 막 너무 오래되지는 않은 것을 하나 가져와봤습니다. 요즘 NGS 다루지 않은 연구자가 없으니 정기적으로 한번 씩 이런 논문들이 나와줘서 좋기는 합니다. 다만 아직은 Short read 대부분이라서 Sh...

정렬 프로그램은 NGS를 사용하는 현재 뿐만 아니라 이전부터 갱장히 중요한 문제였습니다. 21년도에 이 정렬 프로그램에 관련하여 정리를 한 논문이 있어 한번 읽어보려다 걍 가져와봤습니다. :)  제목은 Technology dictates algorit...

이번 글은 Align하는 명령어 편! 되겠습니다. HISAT2 $ ~/hisat2/hisat2 -p num_thread -x /path/to/reference_index --known-splicesite-infile /path/to/splic...

Alignment를 수행하기 위해서는 reference가 필요합니다. 모 어떤 alignment 툴에서는 그냥 genome 서열만 있어도 되지만 하이 쓰루풋 시퀀싱 데이터를 다룰 때는 대부분 genome 서열을 나름의 index를 새로 생성하게 ...

근 몇년 만인가요.. 간만에 RNAseq을 손에 뭍혀봅니다.!! :) 여러가지 Tool을 조합해서 일단 해보고 좋은 놈 골라 쓸 생각이라서 여러 aligner와 abundance tool을 사용할 예정입니다. 그래서 오늘은 서버에 설치된 프로...