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수요일, 7월 20, 2022
Long Read 조립은 누가누가 잘하나
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Piroplasm를 나노포어를 사용하여 genome project를 진행했고 나노포어를 활용한 assembler들에 대한 성능 비교 논문 되겠습니다. 제목은 Systematic Comparison of the Performances of De Novo...
일요일, 4월 26, 2020
Benchmarking of long-read assemblers for prokaryote whole genome sequencing
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나노포어는 현존하는 시퀀서중에 가장 긴 서열을 뽑아내는 시퀀서임에는 그 누구도 부인하지 못할것입니다. 근데.. 생산된 리드의 각 base의 phred score 를 보자면.. 왜 갑자기 눈에서 물이나오는 이유는 왜때문일까요? (그렇지만 저는 de-n...
화요일, 2월 14, 2017
A5 pipeline
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논문: An Integrated Pipeline for de Novo Assembly of Microbial Genomes 다년간 Non にんげん denovo aseembly를 하다보니 별별 라이브러리 조합을 만나 봤는데 A5 파이프라인이 ...
목요일, 7월 10, 2014
SSPACE-Standard 3.0
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오오오오.. 간만에 assembly작업때문에 프로그램 다시 확인하고 있는데.. SSPACE는 언제 3.0으로 바꼈는지.. ㅎㅎ SSPACE SSPACE 스탠다드와 함께 Longread도 있는데.. usage보니 pac용이네... ...
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