Lee Gir-Won (Lee Gil-Won)

오늘은 21년도에 출판된 좀시간이 됐지만 그렇다고 막 너무 오래되지는 않은 것을 하나 가져와봤습니다. 요즘 NGS 다루지 않은 연구자가 없으니 정기적으로 한번 씩 이런 논문들이 나와줘서 좋기는 합니다. 다만 아직은 Short read 대부분이라서 Sh...

정렬 프로그램은 NGS를 사용하는 현재 뿐만 아니라 이전부터 갱장히 중요한 문제였습니다. 21년도에 이 정렬 프로그램에 관련하여 정리를 한 논문이 있어 한번 읽어보려다 걍 가져와봤습니다. :)  제목은 Technology dictates algorit...

오늘은 최근에 논란의 중심에 서 있는 claude3를 사용해보았습니다. Comparative analysis of alignment tools for application on Nanopore sequencing data 이 논문을 선택한 이유는 cl...

오늘은 연식은 좀 되었으나 빠른 분석 tool하나 가져와봤습니다. SpeedSeq: ultra-fast personal genome analysis and interpretation doi : 10.1038/nmeth.3505 이름하여 SpeedSeq...

역시 세상에는 내마을을 알고 있는 분들이 있다는.. 논문 제목은 Systematic benchmark of state-of-the-art variant calling pipelines identifies major factors affecting ac...

간만에 글 투척합니다. 오늘은 Long read align관련된 내용 투척 하도록 하겠습니다. 시퀀싱 기술이 좋아져서 PacBio와 함께 nanopore가 (최근 covid도 있었고) 함께 많이 이용되고 있는데 질좋은 long read를 생산하셨다면 ...

Alignment를 수행하기 위해서는 reference가 필요합니다. 모 어떤 alignment 툴에서는 그냥 genome 서열만 있어도 되지만 하이 쓰루풋 시퀀싱 데이터를 다룰 때는 대부분 genome 서열을 나름의 index를 새로 생성하게 ...

근 몇년 만인가요.. 간만에 RNAseq을 손에 뭍혀봅니다.!! :) 여러가지 Tool을 조합해서 일단 해보고 좋은 놈 골라 쓸 생각이라서 여러 aligner와 abundance tool을 사용할 예정입니다. 그래서 오늘은 서버에 설치된 프로...