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금요일, 12월 06, 2013

Velvet의 무서움...

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예전에 Velvet 사용시 input 대비 사용할 만한 메모리를 표시한 포스팅이 있었는데... input 서열양이 많아지니... 일정 이상에서는.... 그 두배정도가 필요할듯 보이네요.. raw데이터 (멀티 라이브러리) 압축 푼 데이터가 10...
금요일, 7월 12, 2013

Velvet으로 Assembly하기

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결론은 de novo 는 흠좀무라는... ㅋㅋ species가 무엇이 되던간에 말입니다. ㅎㅎ 요즘 몇몇 곰팡이를 조립중에 있는데 SOAPdenovo, Velvet, SPAdes, SSPACE를 중점적으로 사용하고 있습니다. ALLPATH...
토요일, 9월 01, 2012

Velvet 사용 Tip

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작년부터 NGS, NGS 해서 한두번쯤은 많은 NGS 프로그램들을 들어보셨을 것이고 조금이라도 관련되어 있는 일을 하시는 분이라면 이미 많이사용해 보셨을 것이라고 생각됩니다. 오늘은 그중에서 Velvet, sequence assembly 프로...
월요일, 4월 23, 2012

Velvet과 Oases 설치

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Velvet 다운로드 $tar zxf velvet_1.2.03.tgz $cd velvet_1.2.03 $make default 설정으로 설치하는 경우 그냥 make하면 되지만.. K-mer값을 큰 값으로 사용하고자 하는 경우나 multi-...
수요일, 3월 21, 2012

Velvet 설치 및 사용기

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벨벳은 메모리가 중요 그때 그때마다 다르긴 하지만 메모리 요구량이... ㅎㄷㄷㄷ 여하튼.... velvet 설치... make만 하면된다능... 단, 몇개 살펴봐야 하는 옵션은... CATEGORIES MAXKMERLENGTH B...