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월요일, 6월 23, 2025

Trinity, de-novo RNA-seq assembler의 시작

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오늘은 예전 논문을 하나 가져와봤습니다. de-novo transcriptom assembly의 시초라고 할 수 있는 trinity에 대한 논문입니다. 제목은  Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq da...
목요일, 11월 14, 2024

RNA-Seq 데이터로 SNP를 찾아내보자 -2-

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오늘 논문은 2019년에 출판된 RNA-seq데이터로 SNP를 발굴하는 방법에 대한 논문입니다. 제목은  A high-throughput SNP discovery strategy for RNA-seq data 으로 이전에 포스팅 은 새로운 tool을...
금요일, 10월 25, 2019

간만에 denovo RNA-Seq 해보기 -유전자구조예측편-

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denovo RNA-Seq를 사용해서 조립을 했다면 조립된 서열들은 어떤 유전자인지 궁금해 지겠쥬? 안 궁금하면 그냥 끝! 하고 서열을 NCBI에 fastq파일 디파짓하고 Bye さようなら하면 그냥 남 좋은일 하는 겁니다. (나는 대인배다 ...
금요일, 3월 15, 2019

간만에 de novo RNA-Seq 해보기 -조립편-

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Trinity를 사용한 de novo RNA-seq은 별거없습니다. 다음과 같은 명령어를 사용하면 끝! 기본 Assembly 방법: $ ~/trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/Trinity --seqType fq --max...
일요일, 3월 10, 2019

간만에 denovo RNA-Seq 해보기 -설치편-

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최근 간만에 해보기가 올라가고 있는데... 진짜 2년만에 RNA-seq 분석을 해봐서.. 걍 분석하는 단계나 프로그램 사용법 정리 차원에서 글을 올리고 있습니다. 4짜 산업 시대에 발맞춰 유전체 데이터 전문 설거지팀 하나 꾸리는것도 나쁘지 않...