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레이블이 TopHat인 게시물을 표시합니다. 모든 게시물 표시
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금요일, 11월 02, 2012

Warning Warning BAM header...

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Warning: BAM header too large File TopHat - cufflinks 조합으로 RNAseq을 분석하는 분들 중에서 과연 얼마나 접해보셨을까 하는데요.. 혹 수백,수천개의 chr을 가진 genome을 분석하시는 분께서...
화요일, 10월 16, 2012

TopHat을 바라볼때 중요한것

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Read Manual!!!  TopHat manual 사실 알고리듬 모르니... 라고 생각한다면.. 모 어쩔수 없고?? ㅎㅎ :) 하지만 무엇인가 알고 돌리는것과 모르고 자연에 출판된 protocol만 따라 돌리는것에는 많은 차이가 있...
월요일, 8월 27, 2012

Tophat을 run할 때의 마음가짐

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RNA-Seq 작업을 하면서 빈번하게 사용하는 Alignment tool로 TopHat 을 꼽을 수 있다. (나의 경우 그렇다. 아니면 말고.. 쳇~) 본인의 경우 대부분의 프로그램들의 default값을 사용하기 좋아라 하지만 최근 NGS관련 ...
화요일, 8월 21, 2012

Tophat2에서 libz.so.1 에러에 대처하는 우리들의 자세

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RNA-Seq 작업을 하시는 분들의 경우 많은 분들께서 TopHat과 Cufflinks 조합으로 분석을 진행하리라 생각합니다. 본 글은 좀 old한 리눅스 시스템에서 TopHat 그것도 TopHat2의 바이너리를 사용하여 작업을 하실 때 li...