Lee Gir Won

국내 회사에서 일반 시퀀싱 즉 Sanger Sequencing을 맡기시면 시퀀싱되어 바이너리 정보로 저장되어 있는 ab1파일, 서열정보가 들어있는 fasta파일과 함께 Applied Biosystems 로고가 찍혀있는 pdf파일 혹은 시퀀싱을 요청한 ...

Rapid whole-genome sequencing decreases infant morbidity and cost of hospitalization 본 논문은 WGS이 의료 비용 절감과 환우의 치료에 대해 긍정적인 결과에 대한 내용을 담고 있는데 ...

읽는다 읽는다 하면서 이제서야 정리하는 내용... Uterine Microbiota: Residents, Tourists, or invaders? 논문좌표 : https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu....

간만에 Biopython에 포함되어 있는 Entrez 함수를 이용하여 assceesion넘버로 fasta파일 다운받기를 해봤습니다. git: https://github.com/gwlee/study/blob/master/entrez_access2fast...

bedtools를 설명하는데 swiss-army knife 만한게 없긴하지요 swiss-army knife 같이 다목적으로 적재적소에 쓰이는 좋은 물건 되겠습니다. 최신판은 2.29.2 되겠습니다. 당연한 얘기지만 상위버전으로 업데이트된 sub...

오랜만에 작업 로그용 글입니다. :) Long Read(aka Nanopore)를 위한 assembler의 설치에 대한 로그로... 모 그렇게 자주 사용 될일이 없을것 같지만.. 그래도.. root권한 또는 sudo권한이 없는 상황을 가정하고 ...

나노포어는 현존하는 시퀀서중에 가장 긴 서열을 뽑아내는 시퀀서임에는 그 누구도 부인하지 못할것입니다. 근데.. 생산된 리드의 각 base의 phred score 를 보자면.. 왜 갑자기 눈에서 물이나오는 이유는 왜때문일까요? (그렇지만 저는 de-n...

2월 28일 기준 2월의 마지막 주말을 맞아  gisaid 에 몇개나 업로드 됐는지 확인하러 들어 갔는데 200개가 넘었네?? (2020년 2월 29일 현재 234개임) 그래서 tree 그려보면 어떻게 나올까 궁금해서 한번 그려봤습니다. 근데 ...

지난번 2번째 글 에서는 NCBI에서 genbank파일을 다운로드 받아서 python script로 어쩌구 저쩌구하면 2019-nCoV 서열을 모을 수 있다고 했는데요... 2019-nCoV관련 더 많은 정보들을 확인하시려면 gisaid 라는...

2019-nCoV Tree 그려보기 1편 에서 어라? 실망하셨던분들을 위해 준비한 2편 되겠습니다. 일단 일전에 말씀드린것과 같이 NCBI 홈페이지가서 다음과 같이 genbank파일을 입맛에 맞게 받으시면 되겠습니다. refseq말고 다 ...

2020년 정월 초하루가 얼마 지나지 않은 나날 동안 한중일이 아닌 전세계가 코로나 바이러스 때문에 홍역을 치르고 있습니다. 초기 방역로 이렇게 급속도로 전세계로 퍼져나가 감염자 및 사망자가 증가하고 있는 가운데 이 짧은 기간 동안에 다양한 연구 ...

genpept는 무슨 파일인고? 자세한 설명은 >여기< 간단히 얘기하자면 예전에 사용하셨던 genbank 파일 포맷입니다. 이름만 바꾼건지 모 그렇습니다. ㅎㅎ biopython에서도 genpept가 아니라 genbank를 사용...

qiime을 한번 실행시켜 봤습니다. 저는 완벽한 ubuntu 시스템이 아닌 윈도우에서 지원하는 linux subsystem에서 ubuntu 18.04 LTS를 설치해서 사용 하고 있습니다. 그래서 약간 이글을 보시는 분들과 환경이 다소 차이가...

지난번 qiime2 파헤치기 에 이어 이번에는 설치편!! WSL을 이용하여 우분투 18.04 LTS에 설치하는것처럼 흉내를 내보겠습니다. 윈도우 10에서 WSL을 활성화시키고 Ubuntu를 설치하면 되겠습니다. 자세한 내용은 > 여기 ...

?? 윈도우용 리눅스 하위 시스템 설명서가 아니라 Linux용 Windows 하위 시스템 설명서 라고? 번역이 다른건지 문화가 다른건지 그건 중요한게 아니고 윈도우에서 cygwin 도 아니고 버추얼박스 도 아닌데 리눅스 명령어를 그것도 우분투를...

중국에서 비 침습성 산전 검사(NIPT)를 활용해서 흥미진진한 연구를 진행해서 2018년도에 투고한 논문을 한번 훑어봤습니다. Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic ...

가능하면 일주일에 하나씩은 업데이트 하려고 했는데 여윽시.. 그건 어려운것 같네요 ㅎㅎ 그래도 되는대로 논문읽고 일주일에 한번씩 업데이트 하는걸로 :) 오늘은 금년 6월달에 남중국과학대학에서 Scientific reports에 투고한 논문 되...

Noninvasive prenatal testing for aneuploidy using cell-free DNA – New implications for maternal health 간만에 하는 업무와 갱장히 밀접한 글 하나 투척이라기 보다는...

NGS 시대를 살면서 bam파일은 어떻게 땔래야 땔수없는 껌딱지같은 녀석이 되어버렸습니다. 다양한 정보를 가지고있기는 한데 그 안에서 정보를 추출같은 핸들링하기가 쉽지 않은게 사실이긴 합니다. 그래서 여기 sam파일 bam파일을 samtool...

Trimmomatic Site Trimmomatic Manual Trimmomatic은 cutadapt와 함께 Illumina 시퀀서들의 adapter들을 제거하고 trimming하는데 널리사용되는 tool되겠습니다. 설치방법은.. ...