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수요일, 4월 05, 2023
너도 AB1파일 가지고 pdf 만들 수 있어 (2)
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너도 AB1 파일 사용해서 pdf 만들 수 있어 첫번째 글에 이은 두번째!!! chatGPT한테 물어 물어 좀 쉽게 작성을 해보려고 했으나... 아.. 이것 또한 쉽지 않습니다. 예제를 보여줘서 학습을 시키면 좋을텐데... 잘 모르게서 그냥 간단히 ...
수요일, 12월 18, 2019
genpept 파일을 parsing하고 싶을때
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genpept는 무슨 파일인고? 자세한 설명은 >여기< 간단히 얘기하자면 예전에 사용하셨던 genbank 파일 포맷입니다. 이름만 바꾼건지 모 그렇습니다. ㅎㅎ biopython에서도 genpept가 아니라 genbank를 사용...
일요일, 9월 23, 2018
Microbiome Database를 만들어볼까? -NCBI편 4-
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지난번 글에서 받기시작했던 nt.gz파일은 잘 받아졌나요? 그럼 이제 이 파일에서 무엇인가 뽑아내야 겠죠? 무엇을 뽑아내느냐? 16S rRNA를 뽑아낼겁니다. 어떻게? 다음 스크립트를 작성해 봅시다. $vi parser_nt.py ...
수요일, 9월 19, 2018
Microbiome Database를 만들어볼까? -NCBI편 3-
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지난 시간에 이곳 에서 귀한 자료를 받아 봤을 겁니다. 그게 무엇이냐!!! 지금까지 공개된 bacteria의 서열들이죠 정확하게 말하면 현재까지 수많은 연구자들이 자발적(자의타의)으로 공개해준 것을 NCBI가 아름답게 정리한 RNA서열들만 다...
금요일, 3월 23, 2012
Fasta 형식의 파일에서 빈서열 제거
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가끔씩 Blast를 수행하고자 formatdb를 수행 할 때, 다음과 같은 에러를 접한 적이 있으리라 본다. [formatdb] WARNING: Cannot add sequence number XXXXX XX.XXX.XXX. becaus...
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