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화요일, 12월 30, 2025

RNA-seq 데이터 분석을 위한 정규화 방법, TMM

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오늘은 오래된 논문하나 가져와봤습니다. 2010년에 출판된 논문으로 RNAseq 데이터를 사용하여 유전자 발현량을 분석하면서 정규화하는 방법에 대한 내용되겠습니다. 당시 RNAseq 데이터를 사용하여 유전자 발현량을 분석하는 방법에서 전체 생산된 데이...
수요일, 6월 11, 2025

RB vs RF, RNA-seq 분석 방법에 어떤 차이가 있을까?

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RNAseq 분석 시 reference 기반 분석과 de-novo 분석 방법과 얼마나 다른 결과들이 보이는지 확인해보는 논문을 가져와봤습니다. 논문 제목은 Comparability of reference-based and reference-free t...
수요일, 12월 04, 2024

엑소좀 RNA 시퀀싱으로 암 바이오마커를 찾아보자

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오늘 좀 생소한 녀석을 가져와봤습니다. Exosome RNA Sequencing as a Tool in the Search for Cancer Biomarkers 라고 해서 엑소좀 RANseq을 활용해서 암 바이오마커를 찾는 것에 대한 내용입니다. ...
목요일, 11월 14, 2024

RNA-Seq 데이터로 SNP를 찾아내보자 -2-

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오늘 논문은 2019년에 출판된 RNA-seq데이터로 SNP를 발굴하는 방법에 대한 논문입니다. 제목은  A high-throughput SNP discovery strategy for RNA-seq data 으로 이전에 포스팅 은 새로운 tool을...
월요일, 10월 28, 2024

RNA-Seq 데이터로 SNP를 찾아내보자

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오늘은 오랜만에 예전에(10년이 넘었네요;;;) 출판된 RNA-seq에서 SNP를 식별하는 논문을 가져와봤습니다. 제목은 Reliable Identification of Genomic Variants from RNA-Seq Data 입니다. RNA-...
일요일, 2월 11, 2024

WGS 데이터를 활용하여 어떤 방법이 환자에게 보다 효과적인지 확인해보자

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바다 건너 영국에서 진행하고 있는 WGS를 활용한 암환자들에 대한 치료 기회에 대한 내용에 대한 논문을 한번 bar..아니 gemini에게 물어봤습니다. 논문 제목은 " Insights for precision oncology from the...
일요일, 3월 10, 2019

간만에 denovo RNA-Seq 해보기 -설치편-

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최근 간만에 해보기가 올라가고 있는데... 진짜 2년만에 RNA-seq 분석을 해봐서.. 걍 분석하는 단계나 프로그램 사용법 정리 차원에서 글을 올리고 있습니다. 4짜 산업 시대에 발맞춰 유전체 데이터 전문 설거지팀 하나 꾸리는것도 나쁘지 않...
월요일, 8월 27, 2012

Tophat을 run할 때의 마음가짐

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RNA-Seq 작업을 하면서 빈번하게 사용하는 Alignment tool로 TopHat 을 꼽을 수 있다. (나의 경우 그렇다. 아니면 말고.. 쳇~) 본인의 경우 대부분의 프로그램들의 default값을 사용하기 좋아라 하지만 최근 NGS관련 ...
화요일, 8월 21, 2012

Tophat2에서 libz.so.1 에러에 대처하는 우리들의 자세

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RNA-Seq 작업을 하시는 분들의 경우 많은 분들께서 TopHat과 Cufflinks 조합으로 분석을 진행하리라 생각합니다. 본 글은 좀 old한 리눅스 시스템에서 TopHat 그것도 TopHat2의 바이너리를 사용하여 작업을 하실 때 li...