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수요일, 6월 11, 2025

RB vs RF, RNA-seq 분석 방법에 어떤 차이가 있을까?

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RNAseq 분석 시 reference 기반 분석과 de-novo 분석 방법과 얼마나 다른 결과들이 보이는지 확인해보는 논문을 가져와봤습니다. 논문 제목은 Comparability of reference-based and reference-free t...
수요일, 12월 04, 2024

엑소좀 RNA 시퀀싱으로 암 바이오마커를 찾아보자

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오늘 좀 생소한 녀석을 가져와봤습니다. Exosome RNA Sequencing as a Tool in the Search for Cancer Biomarkers 라고 해서 엑소좀 RANseq을 활용해서 암 바이오마커를 찾는 것에 대한 내용입니다. ...
목요일, 11월 14, 2024

RNA-Seq 데이터로 SNP를 찾아내보자 -2-

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오늘 논문은 2019년에 출판된 RNA-seq데이터로 SNP를 발굴하는 방법에 대한 논문입니다. 제목은  A high-throughput SNP discovery strategy for RNA-seq data 으로 이전에 포스팅 은 새로운 tool을...
월요일, 10월 28, 2024

RNA-Seq 데이터로 SNP를 찾아내보자

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오늘은 오랜만에 예전에(10년이 넘었네요;;;) 출판된 RNA-seq에서 SNP를 식별하는 논문을 가져와봤습니다. 제목은 Reliable Identification of Genomic Variants from RNA-Seq Data 입니다. RNA-...
일요일, 2월 11, 2024

WGS 데이터를 활용하여 어떤 방법이 환자에게 보다 효과적인지 확인해보자

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바다 건너 영국에서 진행하고 있는 WGS를 활용한 암환자들에 대한 치료 기회에 대한 내용에 대한 논문을 한번 bar..아니 gemini에게 물어봤습니다. 논문 제목은 " Insights for precision oncology from the...
일요일, 3월 10, 2019

간만에 denovo RNA-Seq 해보기 -설치편-

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최근 간만에 해보기가 올라가고 있는데... 진짜 2년만에 RNA-seq 분석을 해봐서.. 걍 분석하는 단계나 프로그램 사용법 정리 차원에서 글을 올리고 있습니다. 4짜 산업 시대에 발맞춰 유전체 데이터 전문 설거지팀 하나 꾸리는것도 나쁘지 않...
월요일, 8월 27, 2012

Tophat을 run할 때의 마음가짐

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RNA-Seq 작업을 하면서 빈번하게 사용하는 Alignment tool로 TopHat 을 꼽을 수 있다. (나의 경우 그렇다. 아니면 말고.. 쳇~) 본인의 경우 대부분의 프로그램들의 default값을 사용하기 좋아라 하지만 최근 NGS관련 ...
화요일, 8월 21, 2012

Tophat2에서 libz.so.1 에러에 대처하는 우리들의 자세

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RNA-Seq 작업을 하시는 분들의 경우 많은 분들께서 TopHat과 Cufflinks 조합으로 분석을 진행하리라 생각합니다. 본 글은 좀 old한 리눅스 시스템에서 TopHat 그것도 TopHat2의 바이너리를 사용하여 작업을 하실 때 li...