Lee Gir Won

간만에 프로그램 설치 기록 하나 남겨 봅니다. 설치할 tool은 Copy Number Variant 탐지에 대명사 중 하나인 CNVKit입니다. 참조할 사이트는 당연히 공식 cnvkit github 고요  첫번째 방법은 conda를 이용한 방법! ...

NCBI의 taxonomy 데이터는 드려다 보신 분들은 아시겠지만 환장의 도가니라고 할 수 있죠 그래서 보다 못한 호주의 어느 용자께서 NCBI의 taxonomy 데이터를 처리할 수 있는 스크립트를 개발하셔서 github에 올려주셨습니다. 물론 논문도...

왜 없겠습니까? 그래서 chatGPT와 Bing에게 물어보았습니다. chatGTP ---- Q: https://finance.yahoo.com/ 에서 API를 이용해서 AAPL 주식 1년 자료 다운로드 받는 코드 짜줘. A: 안녕하세요! Yahoo F...

genpept는 무슨 파일인고? 자세한 설명은 >여기< 간단히 얘기하자면 예전에 사용하셨던 genbank 파일 포맷입니다. 이름만 바꾼건지 모 그렇습니다. ㅎㅎ biopython에서도 genpept가 아니라 genbank를 사용...

최근에 rosalind 를 다시 해보면서 가능하면 파이썬 기본 라이브러리로 해결해보려고 했는데 Bioinformatics Armory 부분의 일부 문제는 Biopython을 사용하지않으면 꽤나 곤란한 상황이 발생할것 같아서 일부 문제에서는 걍 ...

서버 온도가 아무 작업을 안해도 60도를 상회하는 관계로 sensors로 온도 변화를 기록하고자 급하게 작성한 한 스크립트. 물론 쓸모는 없었다는게 함정 ㅋ import time from datetime import datetime f...

내가 아니란 말이닷!!! ㅋㅋ python에서 Biopython을 이용하여 간단하게 convert하는 샘플 코드를 제공하고 있으니 여러분들도 쉽게 만들수 있어요~ :) Biopython에서 제공하는  Tutorial   오늘 문의가 들어...

통계작업할 때 지금까지는 대부분 엑셀, 조금 데이터양이 많아지거나 고급 통계기법이 필요하면 R을 사용하였다. 근데 아쉽게도 R에서의 문자열 핸들링관련해서 지식이 민망하여 통계처리 중간에 문자열 조작이 필요한 경우 중간에 값을 텍스트로 빼서 파...

가끔씩 Blast를 수행하고자 formatdb를 수행 할 때, 다음과 같은 에러를 접한 적이 있으리라 본다. [formatdb] WARNING: Cannot add sequence number XXXXX XX.XXX.XXX.  becaus...

파이썬에서 좀더 다양한 윈도우 프로그래밍이 가능하게 하는 모듈? 여하튼.... 좋은거~ ㅋ Win32com 다양한 윈도우 프로그램과 연동되어 프로그래밍을 더 시키게 만든 녀석.. ㅡ.-a 여하튼.... python 2.3이후부터는 없는...

출처: 파이썬마을 파이썬에 이런 모듈이.. 참.. 대단한듯... -파이썬에 감탄하면 지는거다.. 난 자바를 공부하고 있어야돼... ㅠ.ㅠ 쉽게말해 대용량 사전 -사전이라는 자료형 은근히 편했는데.. 실제 사용 예로 EMBL CD...

예전에는 라이브러리를 사용하는데 있어서 요구되는 라이브러리들의 버전만 체크하면 되는데 요즘 64bit OS들이 널리 퍼지면서(본인 또한 64bit OS만 쓴다는.. 쿨럭...) 버전 체크 뿐만 아니라 bit확인도 해주어야 한다. 그런데 pyt...

파이썬에서 집한연산을 하는 경우가 생기게된다. 이럴때 쓰라고 있는  set   집합형으로 바꾸는 방법은 걍 set()을 묶어주면 Ok. list > set 리스트의 원소 중 중복되는 원소는 제거하고 집합형으로 변환 ...