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토요일, 2월 29, 2020

현재 SARS-CoV-2 Tree를 그리면 어떻게 나올까

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2월 28일 기준 2월의 마지막 주말을 맞아  gisaid 에 몇개나 업로드 됐는지 확인하러 들어 갔는데 200개가 넘었네?? (2020년 2월 29일 현재 234개임) 그래서 tree 그려보면 어떻게 나올까 궁금해서 한번 그려봤습니다. 근데 ...
토요일, 2월 08, 2020

2019-nCoV Tree 그려보기 -End-

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지난번 2번째 글 에서는 NCBI에서 genbank파일을 다운로드 받아서 python script로 어쩌구 저쩌구하면 2019-nCoV 서열을 모을 수 있다고 했는데요... 2019-nCoV관련 더 많은 정보들을 확인하시려면 gisaid 라는...
화요일, 2월 04, 2020

2019-nCoV Tree 그려보기 -2-

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2019-nCoV Tree 그려보기 1편 에서 어라? 실망하셨던분들을 위해 준비한 2편 되겠습니다. 일단 일전에 말씀드린것과 같이 NCBI 홈페이지가서 다음과 같이 genbank파일을 입맛에 맞게 받으시면 되겠습니다. refseq말고 다 ...
일요일, 2월 02, 2020

2019-nCoV Tree 그려보기 -1-

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2020년 정월 초하루가 얼마 지나지 않은 나날 동안 한중일이 아닌 전세계가 코로나 바이러스 때문에 홍역을 치르고 있습니다. 초기 방역로 이렇게 급속도로 전세계로 퍼져나가 감염자 및 사망자가 증가하고 있는 가운데 이 짧은 기간 동안에 다양한 연구 ...
화요일, 5월 08, 2012

MEGA5 Usage

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오늘은 간단히 MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) 사용법 중 Multi Fasta Sequence가지고 Alignment하고 Phylogenetic tree를 그리는 것에 대해서  간단히...