Lee Gir Won

오늘은 최근에 medrxiv에 올라온 논문을 가져와봤습니다. 미래 진단은 결국 Long-read로 해야지 정확도든 찾고싶은거든 다 할 수 있을 것 이라는 믿음이 있는바 가져와봤습니다. :) 제목은 HiFi long-read genomes for dif...

23년에 효모를 사용해서 여러 플랫폼 데이터의 어셈블리 성능을 테스트한 논문이 있어서 한번 가져와봤습니다. 제목은  A practical comparison of the next-generation sequencing platform and assem...

사실 아직 Long-read 시대라고 하기에는 전세계 적으로 생산되는 시퀀싱 데이터의 비율로 보면 꼬꼬마이긴 하나 그래도 비용이나 지금까지의 축적된 자료 활용이라는 몇몇 점들을 제외하면 짧은 애들시대는 조만간 저물지 않을까 합니다. 물론 짧은 애들 또...

항상 느끼는것이지만 사람들은 익숙한것에 익숙하다는... 물론 이 글을 쓰는 본인도 별반 차이 없다는게 현실 그럼에도 불구하고 세상에는 익숙한것을 거부하고 한 걸음 나아가는 분들이 있어서 발전한다는... 오늘은 유전체분야에서 다들 익숙한 짧은길이의 시퀀...

이번 논문은 제가 참여한 논문입니다.. 흠흠.. 이름하여 Two long read-based genome assembly and annotation of polyploidy woody plants, Hibiscus syriacus L. using Pa...

광고?뉴스?기사?글이 하나 포착되어 보는데 Pacific Biosciences signs a definitive agreement to acquire Omniome Omniome이라는 처음보는 회사가 보여서 잠깐 검색 하는데 캐서린 우드 의  ARK ...

간만에 글 투척합니다. 오늘은 Long read align관련된 내용 투척 하도록 하겠습니다. 시퀀싱 기술이 좋아져서 PacBio와 함께 nanopore가 (최근 covid도 있었고) 함께 많이 이용되고 있는데 질좋은 long read를 생산하셨다면 ...

Sequel에 대한 자세한 내용은 Here  를 보시면 더 자세히 알수 있을 것이고... 2017년 3월 8일 기준 어제인 3월 7일 K호텔에서 PacBio 워크샵이 있었는데 Sequel 출시 이후 다양한 업그레이들이 진행되고 있었네요.. ...

우선 PacBio에서 사용되는 용어에 대해서 잘 정리된 문서가 있어 링크 합니다. > PacBio Term < 작년 말에 PacBio SMRT portal 에서 HGAPv2와 HGAPv3비교를 해보려고 했는데 해보신분은 아시다싶이 H...

PacBio에서 assembly를 담당하고 있는 HGAP과 Falcon을 주로 사용하고 있는것으로 알고 있는데 오늘 그 중에서 HGAP 을 잠시 확인 하도록 하겠습니다. 왜 HGAP만 확인하느냐? 제가 HGAP을 많이 쓸 예정이거든요 ㅋ Fal...

블로그에 쓰는 내용이 16S rRNA에 많이 집중되고 있긴하죠? ㅎㅎ 하는일이 이거다보니.. :) 여튼 오늘은 16S rRNA와 시퀀싱플랫폼에 대해서 잠시 이야기 하도록 하겠습니다. 최근 16S rRNA sequencing의 최강자 454가 ...

서부저지고릴라(Western Lowland Gorilla, Gorilla gorilla gorilla ) 중 하나인 Susie의 genome이 PacBio를 이용해서 좀더 high resolution으로 만들어졌다는 아름다운 논문입니다. Long-...

Widespread Polycistronic Transcripts in Fungi Revealed by Single-Molecule mRNA Sequencing 간만에 읽은 저널 한편... 어느 지구정복을 꿈꾸시는 과학자분 께서 운영하시는 것에...

내가 아니란 말이닷!!! ㅋㅋ python에서 Biopython을 이용하여 간단하게 convert하는 샘플 코드를 제공하고 있으니 여러분들도 쉽게 만들수 있어요~ :) Biopython에서 제공하는  Tutorial   오늘 문의가 들어...