Lee Gir Won

나노포어를 이용해서 cell-free DNA의 메틸레이션 패턴을 분석한 논문이 있어서 한번 가져와봤습니다. 이름하여 " Detecting cell-of-origin and cancer-specific methylation features of...

사실 아직 Long-read 시대라고 하기에는 전세계 적으로 생산되는 시퀀싱 데이터의 비율로 보면 꼬꼬마이긴 하나 그래도 비용이나 지금까지의 축적된 자료 활용이라는 몇몇 점들을 제외하면 짧은 애들시대는 조만간 저물지 않을까 합니다. 물론 짧은 애들 또...

오늘은 최근에 논란의 중심에 서 있는 claude3를 사용해보았습니다. Comparative analysis of alignment tools for application on Nanopore sequencing data 이 논문을 선택한 이유는 cl...

음.. 21년도에 옥스포드 나노포어에 관련하여 잘 설명한 글이 있었네요 " Beyond sequencing: machine learning algorithms extract biology hidden in Nanopore signal data...

항상 느끼는것이지만 사람들은 익숙한것에 익숙하다는... 물론 이 글을 쓰는 본인도 별반 차이 없다는게 현실 그럼에도 불구하고 세상에는 익숙한것을 거부하고 한 걸음 나아가는 분들이 있어서 발전한다는... 오늘은 유전체분야에서 다들 익숙한 짧은길이의 시퀀...

Evaluation of Nanopore sequencing for Mycobacterium tuberculosis drug susceptibility testing and outbreak investigation: a genomic analysis ...

Piroplasm를 나노포어를 사용하여 genome project를 진행했고 나노포어를 활용한 assembler들에 대한 성능 비교 논문 되겠습니다. 제목은 Systematic Comparison of the Performances of De Novo...

그래서 나노포어가 준비했습니다. 절대적으로 빠른 건지, 정확도의 수준은 정확히 모르겠으나 일단 샘플당 $80되겠습니다. 물론 이게 재료비값인지 소비자가인지는..... 아마 본인들이 했을때 가격인듯.... (일반 소비자가 이 가격에 가능할지는 모르겠네요...

아니.. 2018년도에 이런 논문을 블로그에 keep놓고 그냥 놀고 있었다니.. 여하튼 눈에 띄어서 한편 사브작 하나 올려봅니다. 역시 일이 많을때 딴짓은 국룰이라는 명제를 증명하듯...... Long-read sequencing identified ...

2021년 첫 포스팅 시작합니다. :) 오늘은 de novo assembly관련된 tools 소개 글입니다. 모델 생물 혹은 그외의 생명체에 대해서 genome을 알고 싶다면... 그냥 절래절래 하거나 아니면 필요하거나 알고 싶은 부분만 클로닝해서 슬...

간만에 글 투척합니다. 오늘은 Long read align관련된 내용 투척 하도록 하겠습니다. 시퀀싱 기술이 좋아져서 PacBio와 함께 nanopore가 (최근 covid도 있었고) 함께 많이 이용되고 있는데 질좋은 long read를 생산하셨다면 ...

나노포어는 현존하는 시퀀서중에 가장 긴 서열을 뽑아내는 시퀀서임에는 그 누구도 부인하지 못할것입니다. 근데.. 생산된 리드의 각 base의 phred score 를 보자면.. 왜 갑자기 눈에서 물이나오는 이유는 왜때문일까요? (그렇지만 저는 de-n...

Nanonet Git Hub Nanopore MinION raw 데이터인 fast5에서 2D read 추출하려고 하는데 nanopore로 검색하면 나오는 poretools, nanopolish, nanook들을 사용했음에도 어느하나 2D 서열...

poretools doc사이트 poretools git url Oxford Nanopore 데이터 핸들링을 위한 tools중 하나로 현재 다양한 nano로 시작하는 tools들이 있긴 하지만 우선 이 tools을 먼저 살펴보았습니다. 이...

이제 옥스포드 나노포어 가 나온지 좀 됐죠? 롱롱롱 read도 시퀀싱(아직  accuracy 문제는 있긴 하지만..) 하고 시퀀싱 후에 듣보잡 서버에서만 쿵짝쿵짝했어야 수십기가 txt파일 받았었는데 이녀석은 내 데스크탑에서 usb꼽으면 빨강...

내가 아니란 말이닷!!! ㅋㅋ python에서 Biopython을 이용하여 간단하게 convert하는 샘플 코드를 제공하고 있으니 여러분들도 쉽게 만들수 있어요~ :) Biopython에서 제공하는  Tutorial   오늘 문의가 들어...