Lee Gir-Won (Lee Gil-Won)

글을 작성하면서 작성하다가 미루다 미루다 못올린 글들이 있는데 와.... 한... 10년전 기록인데 지금도 사용하고 있는지는 모르겠는데... 그래도 혹시나 모르시 한번 올려봅니다. :)  -- 이번에 paired-end와 mate-paired로 ra...

microbiome분석시 사용하는 reference database에 관련된 내용으로 SILVA, RDP, Greengenes, NCBI and OTT — how do these taxonomies compare?  2017년도에 나왔던 것으로 사실 ...

오늘은 LLM을 활용해서 Biomedical 정보에 더 쉽게 접근 할 수 있는 방법을 소개하려고 합니다.  이미 2024년 작년에 출판된 논문으로 NCBI 훃아들이 자기들 DB 활용해서 만들었다고 합니다. 여튼 제목은 GeneGPT: augmentin...

생명정보학을 하는 사람뿐만 아니라 생명공학을 전공하는 공부하는 사람들은 NCBI를 활용하지 않을 수 없는 시대에 왔습니다. 아마 생명공학을 전공한다면 이전에는 하얀까운 입고 클린벤치앞에서 파이펫가지고 실험하는 생각이 지배적이었는데 조만간 컴퓨터 화면앞...

때는 바야흐로 2020년 초 NCBI에 Blog에 새로운 ribosomal RNA 데이터베이스가 출시 되었다는 글이 하나 떴었네요... 사실 그 전부터 BLAST용 ribosomal RNA 서열은 제공하고 있었습니다. 다만 그 전까지는 NCBI에 수집...

NCBI의 taxonomy 데이터는 드려다 보신 분들은 아시겠지만 환장의 도가니라고 할 수 있죠 그래서 보다 못한 호주의 어느 용자께서 NCBI의 taxonomy 데이터를 처리할 수 있는 스크립트를 개발하셔서 github에 올려주셨습니다. 물론 논문도...

이것저것 작업하면서 ncbi tool들을 다시 사용하고 있는데.. 훗.. 역시 우리 ncbi 훃아들의 위대함을 다시 한번 느꼈다는... NCBI BLAST에서 taxonomy로 제한 거는 기능을 당연히 stand-alone에서도 사용할 수 있는데 NC...

지난번 글에서 받기시작했던 nt.gz파일은 잘 받아졌나요? 그럼 이제 이 파일에서 무엇인가 뽑아내야 겠죠? 무엇을 뽑아내느냐? 16S rRNA를 뽑아낼겁니다. 어떻게? 다음 스크립트를 작성해 봅시다. $vi parser_nt.py ...

지난 시간에 이곳 에서 귀한 자료를 받아 봤을 겁니다. 그게 무엇이냐!!! 지금까지 공개된 bacteria의 서열들이죠 정확하게 말하면 현재까지 수많은 연구자들이 자발적(자의타의)으로 공개해준 것을 NCBI가 아름답게 정리한 RNA서열들만 다...

지난 시간에 이곳 에서 자료를 받아 봤습니다. 오늘은 또 다른 ncbi 자료를 받아 볼겁니다. ※지겹다고요? 제가 그랬잖아요? 당분간은 맨날 다운 받을 거라고 ㅋ 빨라야 추석 이후에야 무엇인가 하지 않을까 기대합니다. 지난번에는 ncbi에...

Microbiome Database를 만들려면 database에 들어갈 무엇이든 뭐든지 있어야 겠지요? 지구상에서 생명공학을 공부하면서 한번도 안들어 갈수 없는 한번 들어 가봤으면 다시는 안 갈 수 없는 바로  그곳 ! 거기 ! 근데 일단 ...

관련 NCBI 원문 URL Website Disclaimer 쓰는건 님 자유지만 어떠한 유형의 문제가 발생하면 쓴 너님 문제 Website Usage NCBI 웹페이지는 Title 18 조항에 의해 보호되니깐 작은 하마를 건들면 ㅈ되는 것...

NCBI에서 제공되는 Blastall에 대한 메뉴얼 blast-2.2.18을 기준으로 작성합니다. 현재 2.2.20이 나와있죠?? 아마 옵션은 거의 동일할것입니다. 제가 많이 사용하는 것을 중심으로 설명합니다. -지금은 더 업되어 있을 겁니다...

BLAST는 최근 생명공학을 하는데 기본 도구중에 하나가 되었지만 그럼에도 많은 연구자들이 BLAST를 제대로 사용하지 못하고 있는 것이 현실이다. BLAST를 수행하는데 Database가 NCBI나 다른 여타의 사이트에서 제공안되는 Dat...