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월요일, 10월 21, 2019

bam파일을 가장 쌈빡하게 잘 다루는 방법

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NGS 시대를 살면서 bam파일은 어떻게 땔래야 땔수없는 껌딱지같은 녀석이 되어버렸습니다. 다양한 정보를 가지고있기는 한데 그 안에서 정보를 추출같은 핸들링하기가 쉽지 않은게 사실이긴 합니다. 그래서 여기 sam파일 bam파일을 samtool...
금요일, 3월 01, 2019

간만에 RNAseq 분석 해보기 -Reference편-

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Alignment를 수행하기 위해서는 reference가 필요합니다. 모 어떤 alignment 툴에서는 그냥 genome 서열만 있어도 되지만 하이 쓰루풋 시퀀싱 데이터를 다룰 때는 대부분 genome 서열을 나름의 index를 새로 생성하게 ...
토요일, 7월 04, 2015

Bowtie index 생성이 잘 안된다면..

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오랜만에 글씁니다. 요즘 NGS다 모다 때문에 Bowtie이 BWA이 모 이상한 aligner?mapping tool 많이 쓰시고 있죠? (예, BLAST나 BLAT하나면 다 되던 때가 저도 그립긴 합니다. ㅋ) 근데 요녀석을 하려면 BL...
월요일, 9월 10, 2012

Illumina Adapter Sequence

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Illumina Sequencing에서 사용되는 Adapter중 TruSeq (분석할때 받는 데이터들이 다 요녀석으로 되어 있어서...) DNA/RNA Adapter Sequence를 확인해서 확인해봤습니다. ㅎㅎ Type ...