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토요일, 7월 06, 2024
Denoisers 선택 시 주의해야할 점
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오늘은 microbiome에서 서열 오류를 수정하는 denoising tool인 DADA2, UNOISE3, Deblur에 대한 논문에 대해서 언어 모델들에게 물어보았습니다. :) 논문 제목은 Denoising the Denoisers: an inde...
일요일, 6월 09, 2024
DADA2 돌아보기
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오늘은 microbiome작업에서 많이 사용되는 DADA2에 대해서 한번 돌아보도록 하겠습니다. 제가 micriobiome 작업을 했을때 qiime1을 가지고 가내수공업으로 만들 때여서 사실 당시 나왔었던 최신 tool은 잘 몰랐었습니다. 많은 시간...
토요일, 8월 05, 2023
microbiome 시퀀싱 데이터는 얼마나 잘라내야 결과가 좋을까? for DADA2
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요즘 QIIME2를 뒤적이고 있는 차에 쓰임이 많아 보이는 논문이 하나 있어서 투적해봅니다. (물론 greengene2만큼일련지는...) Trimming conditions for DADA2 analysis in QIIME2 platform doi: ...
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