Lee Gir Won

국내 회사에서 일반 시퀀싱 즉 Sanger Sequencing을 맡기시면 시퀀싱되어 바이너리 정보로 저장되어 있는 ab1파일, 서열정보가 들어있는 fasta파일과 함께 Applied Biosystems 로고가 찍혀있는 pdf파일 혹은 시퀀싱을 요청한 ...

간만에 Biopython에 포함되어 있는 Entrez 함수를 이용하여 assceesion넘버로 fasta파일 다운받기를 해봤습니다. git: https://github.com/gwlee/study/blob/master/entrez_access2fast...

지난번 글에서 받기시작했던 nt.gz파일은 잘 받아졌나요? 그럼 이제 이 파일에서 무엇인가 뽑아내야 겠죠? 무엇을 뽑아내느냐? 16S rRNA를 뽑아낼겁니다. 어떻게? 다음 스크립트를 작성해 봅시다. $vi parser_nt.py ...

지난 시간에 이곳 에서 귀한 자료를 받아 봤을 겁니다. 그게 무엇이냐!!! 지금까지 공개된 bacteria의 서열들이죠 정확하게 말하면 현재까지 수많은 연구자들이 자발적(자의타의)으로 공개해준 것을 NCBI가 아름답게 정리한 RNA서열들만 다...

최근에 rosalind 를 다시 해보면서 가능하면 파이썬 기본 라이브러리로 해결해보려고 했는데 Bioinformatics Armory 부분의 일부 문제는 Biopython을 사용하지않으면 꽤나 곤란한 상황이 발생할것 같아서 일부 문제에서는 걍 ...

내가 아니란 말이닷!!! ㅋㅋ python에서 Biopython을 이용하여 간단하게 convert하는 샘플 코드를 제공하고 있으니 여러분들도 쉽게 만들수 있어요~ :) Biopython에서 제공하는  Tutorial   오늘 문의가 들어...

1여년만에 업그레이드 기념 OS 재설치 후 필요한 프로그램 재설치 중에 있습니다. 오늘은 제가 주력으로 사용하는 스크립트 언어인 Python 설치 순서에 대해서 정리하는 포스팅을 하겠습니다. (이 순서는 지극히 개인적인 생각으로 하는 것이오니 순서...