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목요일, 5월 29, 2014
BLAT에서 protein 서열 비교하기
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새로운 것을 얘기하는건 아니고... 다들 알고있는거 기록용도로 남겨두려고 끄적끄적합니다. :) Kent 옹께서 창조하사 현재 널리 사용되는(나만 쓰나..;;;) BLAT 의 경우 blast와 달리 db를 따로 안만들고 db/query의 form...
금요일, 7월 13, 2012
BLAT and BLAST Output Format Fields
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BLAST (-m 8)과 BLAT 결과를 보면 table 형식으로 되어 있는데 head들이 친절하게 설명되어 있는 것도있지만 대량분석할 때에는 귀찮아서 Header 정보를 제거하고 결과를 뽑아서 가끔씩 헷갈릴때가 있다. 본인은 그렇다.. :) 그래...
수요일, 3월 21, 2012
Blat x86_64
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Blat 수행시 옵션 중 stepSize 파라미터를 조정하여 작업을 돌릴 경우 세그먼트 에러가 발생하여 삽질 중에 x86_64 버전 Blat을 발견하여 잘 사용하고 있습니다. BLAT x86_64 다만 major 버전은 동일한데 minor...
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