Lee Gir Won

오늘은 21년도에 출판된 좀시간이 됐지만 그렇다고 막 너무 오래되지는 않은 것을 하나 가져와봤습니다. 요즘 NGS 다루지 않은 연구자가 없으니 정기적으로 한번 씩 이런 논문들이 나와줘서 좋기는 합니다. 다만 아직은 Short read 대부분이라서 Sh...

정렬 프로그램은 NGS를 사용하는 현재 뿐만 아니라 이전부터 갱장히 중요한 문제였습니다. 21년도에 이 정렬 프로그램에 관련하여 정리를 한 논문이 있어 한번 읽어보려다 걍 가져와봤습니다. :)  제목은 Technology dictates algorit...

오늘은 최근에 논란의 중심에 서 있는 claude3를 사용해보았습니다. Comparative analysis of alignment tools for application on Nanopore sequencing data 이 논문을 선택한 이유는 cl...

mummer는 서열 정열프로그램으로 꽤나 오래부터 사용되었던... NGS시대에 접어들면서 일반적으로 사용되지는 않고... Reference 제작할때 종종 쓰이는... MUMmer이라고 보통 쓰는데... MUM의 의미가 "Maximal Uniq...

2019-nCoV Tree 그려보기 1편 에서 어라? 실망하셨던분들을 위해 준비한 2편 되겠습니다. 일단 일전에 말씀드린것과 같이 NCBI 홈페이지가서 다음과 같이 genbank파일을 입맛에 맞게 받으시면 되겠습니다. refseq말고 다 ...

2020년 정월 초하루가 얼마 지나지 않은 나날 동안 한중일이 아닌 전세계가 코로나 바이러스 때문에 홍역을 치르고 있습니다. 초기 방역로 이렇게 급속도로 전세계로 퍼져나가 감염자 및 사망자가 증가하고 있는 가운데 이 짧은 기간 동안에 다양한 연구 ...

오늘은 간단히 MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) 사용법 중 Multi Fasta Sequence가지고 Alignment하고 Phylogenetic tree를 그리는 것에 대해서  간단히...