Lee Gir Won

오늘은 장내미생물 연구에 대한 내용을 가져와봤습니다. Integration of 168,000 samples reveals global patterns of the human gut microbiome 라는 제목의 논문으로 지역별로 미생물 군집과 다...

오늘은 23년도 3월에 출판된 딥러닝 방법을 이용한 미생물 기능에 대한 논문 인  Comprehensive Functional Annotation of Metagenomes and Microbial Genomes Using a Deep Learning...

마이크로바이옴 분석을 할 때 매번 나오는 얘기로 16S rRNA에서 V3-V4  영역만으로 괜찮겠냐, full 16S rRNA봐야하는거 아니냐? whole sequencing해야하는거 아니냐 라는 내용의 논문이 있엇 한번 가져와봤씁니다. 2019년에 ...

10년에 걸쳐 뇌척수액, 심낭액, 복막 및 흉막액 같은 체액(NSBF)에 어떤 박테리아들이 서식하는지 확인한 논문이 있어 한번 가져와봤습니다.  제목은  Comparison of 16S Ribosomal RNA Targeted Sequencing an...

NGS가 태동된지 20여년.... (너무 과했나?) 대중적으로 관심을 받아 쓰는지는 10여년이 훌쩍 지나가고 있는 시점에 예전에는 454나 Solexa 정도 만져보던 시절에서 지금은 다양한 시퀀서들이 나와서 연구자들의 다양한 궁금증을 일선에서 해결해 ...

정확히 얘기하자면 북극해의 해양 생태계의 미생물 군집을 연구할 때는 16S rRNA의 어느 variable region을 사용하는게 좋을까? 되겠습니다. Comparison of Two 16S rRNA Primers (V3–V4 and V4–V5) f...

어이쿠... 기억속에 잊혀져 있던 database가 우리 곁으로 다시 돌아왔네요 옛날에 metagenome 한번 해봤으면 썼었던 바로 그 db, greengene이 버전업 해서 greengene2으로 아래 논문으로 돌아왔습니다. Greengenes2 ...

지난번 글에서 받기시작했던 nt.gz파일은 잘 받아졌나요? 그럼 이제 이 파일에서 무엇인가 뽑아내야 겠죠? 무엇을 뽑아내느냐? 16S rRNA를 뽑아낼겁니다. 어떻게? 다음 스크립트를 작성해 봅시다. $vi parser_nt.py ...

지난 시간에 이곳 에서 귀한 자료를 받아 봤을 겁니다. 그게 무엇이냐!!! 지금까지 공개된 bacteria의 서열들이죠 정확하게 말하면 현재까지 수많은 연구자들이 자발적(자의타의)으로 공개해준 것을 NCBI가 아름답게 정리한 RNA서열들만 다...

블로그에 쓰는 내용이 16S rRNA에 많이 집중되고 있긴하죠? ㅎㅎ 하는일이 이거다보니.. :) 여튼 오늘은 16S rRNA와 시퀀싱플랫폼에 대해서 잠시 이야기 하도록 하겠습니다. 최근 16S rRNA sequencing의 최강자 454가 ...

Variable regions of the 16S ribosomal RNA. 출처: Nat Rev Microbiol. 2014 Sep;12(9):635-45. doi: 10.1038/nrmicro3330.

요즘하는게 요 16S rRNA작업인데 workflow와 해당 작업에서 사용할만한 tool을 잘 정리한글이 있어서.. H3abionet.org 덤으로 GOBLET 이라는 사이트가 있는것도 알게 되었네요.. GOBLET이 뭔지 궁금해요? 그럼...