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목요일, 10월 31, 2024

NGS에서 통계적 검정력과 표본 크기 계산의 중요성

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오늘은 간만에 좀 지난 논문을 하나 가져와봤슴다. Power and sample size calculations for high-throughput sequencing-based experiments 으로 high-throughput seq 실험을 할...
금요일, 12월 01, 2023

이제 우리 cfDNA를 활용해 보아요 (feat. 머신러닝)

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Genome-wide cell-free DNA fragmentation in patients with cancer "내 혈관 속 DNA가 말해줘"라는 BTS의 DNA의 가사 처럼 우리 혈관 속에는 우리 상태를 알게 해주는 마커로 사용...
수요일, 9월 20, 2023

cnvkit 설치 방법

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간만에 프로그램 설치 기록 하나 남겨 봅니다. 설치할 tool은 Copy Number Variant 탐지에 대명사 중 하나인 CNVKit입니다. 참조할 사이트는 당연히 공식 cnvkit github 고요  첫번째 방법은 conda를 이용한 방법! ...
월요일, 2월 06, 2023

우리들의 Nanopore는 결핵균을 잘 시퀀싱하여 세계 공중 보건에 기여할 수 있을까?

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Evaluation of Nanopore sequencing for Mycobacterium tuberculosis drug susceptibility testing and outbreak investigation: a genomic analysis ...
수요일, 7월 20, 2022

Long Read 조립은 누가누가 잘하나

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Piroplasm를 나노포어를 사용하여 genome project를 진행했고 나노포어를 활용한 assembler들에 대한 성능 비교 논문 되겠습니다. 제목은 Systematic Comparison of the Performances of De Novo...
월요일, 4월 25, 2022

Forensic Microbiome Database

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Forensic Microbiome Database: A Tool for Forensic Geolocation Meta-Analysis Using Publicly Available 16S rRNA Microbiome Sequencing DOI : 10...
화요일, 9월 21, 2021

Mac OS에 Redmine 설치하기

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오늘은 레드마인 설치기를.... 처음에는 맥북에서 Bitnami가 제공하는 redmine 을 사용하여 일감정리를 하고 있었는데 우리 Big Sur가 중간에 업데이트를 하면서 Bitnami redmine stack이 먹통이 되면서(중간 일감도 덤으로 요...