Lee Gir Won

denovo RNA-Seq를 사용해서 조립을 했다면 조립된 서열들은 어떤 유전자인지 궁금해 지겠쥬? 안 궁금하면 그냥 끝! 하고 서열을 NCBI에 fastq파일 디파짓하고 Bye さようなら하면 그냥 남 좋은일 하는 겁니다. (나는 대인배다 ...

최근 간만에 해보기가 올라가고 있는데... 진짜 2년만에 RNA-seq 분석을 해봐서.. 걍 분석하는 단계나 프로그램 사용법 정리 차원에서 글을 올리고 있습니다. 4짜 산업 시대에 발맞춰 유전체 데이터 전문 설거지팀 하나 꾸리는것도 나쁘지 않...

Alignment를 수행하기 위해서는 reference가 필요합니다. 모 어떤 alignment 툴에서는 그냥 genome 서열만 있어도 되지만 하이 쓰루풋 시퀀싱 데이터를 다룰 때는 대부분 genome 서열을 나름의 index를 새로 생성하게 ...

간만에 Microbiome DB 관련 글을 올립니다! 그래봤자 또 다운로드하자 되겠습니다. :) 오늘은 국내 microbiom 기업중 가장 기술력을 가지고 있는 업체인 chunlab의 DB 되겠습니다. 이 DB의 경우 당연히 fee를 내셔야...

지난번 글에서 받기시작했던 nt.gz파일은 잘 받아졌나요? 그럼 이제 이 파일에서 무엇인가 뽑아내야 겠죠? 무엇을 뽑아내느냐? 16S rRNA를 뽑아낼겁니다. 어떻게? 다음 스크립트를 작성해 봅시다. $vi parser_nt.py ...

지난 시간에 이곳 에서 귀한 자료를 받아 봤을 겁니다. 그게 무엇이냐!!! 지금까지 공개된 bacteria의 서열들이죠 정확하게 말하면 현재까지 수많은 연구자들이 자발적(자의타의)으로 공개해준 것을 NCBI가 아름답게 정리한 RNA서열들만 다...

지난 시간에 이곳 에서 자료를 받아 봤습니다. 오늘은 또 다른 ncbi 자료를 받아 볼겁니다. ※지겹다고요? 제가 그랬잖아요? 당분간은 맨날 다운 받을 거라고 ㅋ 빨라야 추석 이후에야 무엇인가 하지 않을까 기대합니다. 지난번에는 ncbi에...

Microbiome분석을 위해서 여기저기 기웃거려봤다면 여러가지 16S rRNA 데이터베이스가 있다는것을 아실겁니다. 보통 microbiome분석에 입문해서 사용하는 것이라면 대게 처음 분석하는 tool에따라 결정되는데 우리 롭횽님의 qiim...