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일요일, 5월 10, 2020

bed파일을 편하게 다뤄주는 bedtools

bedtools를 설명하는데 swiss-army knife 만한게 없긴하지요
swiss-army knife 같이 다목적으로 적재적소에 쓰이는 좋은 물건 되겠습니다.

최신판은 2.29.2 되겠습니다. 당연한 얘기지만 상위버전으로 업데이트된 sub 명령어들의 옵션들이 추가되기 때문에 하위 버전 사용시 최근 메뉴얼 보시면 작동 안합니다. ㅋ
(웬만치 하위버전을 써야지.... 근데 이러는게 종종 있습니다. 그렇더라구요)

bed 포맷을 핸들링할때 굳이 스크립트 짜지 마세요
어설프게 짜고나서 나중에 후회마시고
그냥 bedtools 사용법을 남겨두고 써먹으시는게 서로 편합니다.

genome관련해서 사용할 만한 sub 명령어는
sort, merge, intersect, window 정도만 생각하고 있었는데.. 역시 coverage가;; 아놔.. 이거 겨우겨우 만들었는데...
역시 coverage라는 sub 명령어가;;;

여러분 힘들게 만들지 마시고 있는거 잘 활용하시면 
센스있는 분석쟁이로 가는 첫걸음입니다. :)



출처: @sana_twice.09



금요일, 4월 06, 2012

tabix vs intersectBed

tab으로 구분되어 있는 txt 파일 처리하는 tabix에서 대해서
혜식 형님께 조언을 구하는데 대량으로 처리하려면
tabix보단 intersectBed가 더 좋다는 정보 획득!! ㅎㅎ

intersectBed 홈페이지