CentOS에서 genewise 설치하기

지난번에 genewise 설치 관련 포스팅은
사용하지 않는 함수를 바꿔주는것으로 해결을 봤는데..

이번에는 잘 설치 되어있는 라이브러리 헤더파일을 못잡아서
컴파일이 제대로 되지 않는 문제가 발생하였는데.. ㅋㅋ

이것 역시 솔루션이 ㅎㅎ

해결책은 9 x 6 에..

makefile에 있는 옵션 중 glib 옵션을 명확하게 바꿔줘서 해결한다는... ㅎㅎ

find ./ -type f -name "makefile" -exec sed -i.old 's/glib-config --libs/pkg-config --libs glib-2.0/g' "{}" +;
find ./ -type f -name "makefile" -exec sed -i.old 's/glib-config --cflags/pkg-config --cflags glib-2.0/g' "{}" +;

여하튼 해결되서 다행 ~ ㅎㅎ :)

genewise 설치 관련 Tip

출처: 9 by 6


최신 버전의 genewise인 2.4버전대인 경우는 source를 컴파일해야 하는데
이게 잘 안될때가 있다는 점...

src폴더에 들어가서 make all하면
conflicting type for 'getline'이라는 에러가 계속 떠서 찾아봤더니
아주 좋은 해결방법이... ㅋㅋ
getline이라는 함수가 getline_new로 바뀐듯.. ㅋㅋ

위의 블로그에 나와있듯이..

sed -i.old 's/getline/getline_new/' HMMer2/sqio.c
sed -i.old 's/isnumber/isdigit/' models/phasemodel.c

phasemodel은 상관없는데 같이 묶어놔서.. getline처럼 함수가 바뀌어서
에러가 나는 경우인듯...

모 이렇게 해주면...
착하게도 에러없이 컴파일이 잘 되고
genewise 2.4.x를 사용하실 수 있습니다. :)