Entrez를 이용한 fasta 파일 다운받기

간만에 Biopython에 포함되어 있는 Entrez 함수를 이용하여 assceesion넘버로 fasta파일 다운받기를 해봤습니다.

git: https://github.com/gwlee/study/blob/master/entrez_access2fasta.py

python entrez_access2fasta.py accessionid 하면 {accessionid}.fasta파일이 생성됩니다.

참 쉽죠?

Biopython만 잘 사용하셔도 갱장한 것들을 하실 수 있으시고

그런 의미에서 다음번에는 좀더 재미진 내용으로 찾아오도록 하겠습니다. :)

출처: @sana_twice.09

FASTX Tool Kit에서 phred33 사용하기

FAST{A/Q} 파일을 조작(그 조작말고요 고갱님~ ㅎㅎ)을
보다 수월하게 하는 명령어들을 모아놓은 아주 좋은 패키지 입니다.
(사실 전 몇개 안쓰지만요;;; 잇힝~ )

그러나 지금은 이 툴보다 좋은 프로그램들이 많이나와 있는 상태인데..

그래도 끄적 끄적... ㅎㅎ
혹시 다른 페이지들이 폐쇄되는걸 대비해서
백업용으로.....

fasta tool에서 fastx_quality_stats를 사용할 때 quality score관련한 error 메세지를 볼 수 있는데 이것은 fasta tool kit이 phred기준 +64를 좋아해서 그런다는...

그래서 fastx_quality_stats -i input.fastq -N -Q 33 -o quality.txt

이렇게 하면 된다고 이곳에 나와 있었습니다.

출처: shengliblog