HaploMerger2
HaploMerger2 논문
HaploMerger2 다운로드 사이트 , HM2 메뉴얼
2012년 HaploMerger1 개발 이후 2014년에 성능이 향상된 HaploMerger2로 2015년 11월자 파일이 최신인 프로그램으로 간단히 정리하면 polymorphism으로 인해 assembly가 제대로 되지 않는 genome을 assembly하여 고 퀄러티의 genome을 얻는데 도움을 주는 도구 되겠습니다. :)
기본적인 작업 프로세스는 아래의 순서도를 따릅니다.
HM2에서 제공되는 batch 스크립트를 보시면 위에 모식도를 그대로 구현해 놓은것이라고 보시면 됩니다.
HM2 설치는 다른 것들과 달리 컴파일하는거 없고 그냥 다운받아서 압축 파일만 풀면 되는데 run_all.batch파일이 속을 썩일수도 있습니다.
run_all.batch파일안에 치환해야 하는 파일 이름들 중 mp_ref/alt_ss이나 mp_ref/alt_ss_re이 것을
mp_ref_ss와 mp_alt_ss로 분리해주시면 중간에 에러나서 실행되지 않는 step들이 해결될것입니다. 그리고 추가적으로 우리 kent옹께서 만드신 faToNib도 필요하고 여기저기 숨어있는 풀어야할 문제들이 약간씩은 있을 수 있으나 log파일 확인하시면 다 나오는것이니 너무 걱정하지 마시고 일단 run 해보시면됩니다. libraries안에 gapCloser.cfg와 sspace_libraries.list는 GapCloser와 SSPACE할때 필요한 라이브러리 설정 파일입니다. 그 안에 형식에 맞게 fastq파일 넣어주시면됩니다.
마지막으로 HM2가 많이 궁금하신분은 제가 아는 선에는 HM2를 가장 잘 다루는 사람은 (주)테라젠이텍스의 박신기대리님이신듯!! 궁금한것 박대리님께!! 물어보십시요!! ㅋ :)
