레이블이 Fungi인 게시물을 표시합니다. 모든 게시물 표시
레이블이 Fungi인 게시물을 표시합니다. 모든 게시물 표시

월요일, 3월 21, 2016

Widespread Polycistronic Transcripts in Fungi Revealed by Single-Molecule mRNA Sequencing


Widespread Polycistronic Transcripts in Fungi Revealed by Single-Molecule mRNA Sequencing

간만에 읽은 저널 한편...
어느 지구정복을 꿈꾸시는 과학자분께서 운영하시는 것에 비하면 그냥 트윗터 수준임을
미리 알려드립니다.

자세히 안파해칩니다.

필요한것만 읽습니다.(제목만 보고 대충 때려맞추겠다는 심본데? 정답!!)

곰팡이중 basidiomycete fungi를 Iso-Seq을 이용하여 transcriptome 분석을 수행하였고, 우리는 기존의 short read가지고 깨작대던 님들이 못찾는거 찾는 기승전시퀀싱자랑하는 논문되겠습니다.

일단 이 논문은 JGI와 Pac이 손잡고 만들었습니다.
이 말은 곧 SMRT 비용 신경안쓰고(는 아니고 다른 연구자들보다 적게 신경썪을..) 분석에 사용하기 좋은 고 퀄러티 read들을 넉넉히 생산했을 것이기에 이런거 하고 싶다고 그냥 무작정 논문에 나온 SMRT cell 만큼 시퀀싱하시면 거지꼴 못면합니다.
suppl보시면 아시겠지만 SMRT cell 두자릿수 입니다. 앞자리가 10이 아닌건 안비밀 Orz..

복잡하고 어려운거 직접 보시면되니깐 쉬운거 말씀드리고 끝내겠습니다.

기존에 분석한 basidiomycete fungi중 Plicaturopsis crispa를 집중으로 파해쳤는데 이전까지 알고 있는 isoform 비율 10%가 아닌 한 20%정도 된다. 그리고 곰팡이도 isoform 3개 이상짜리도 엄청 많이 있음. 우리 곰팡이 무시하지 마셈.

그리고 비교셋으로 일루미나 숏-리드도 시퀀싱해서 ToFU (Transcript isOforms: Full-length and Unassemble,의 약자로 iso-seq을 분석하는 파이프라인? 시퀀싱 전략? iso-seq 결과물? 논문 보시면 아시겠지만 다양하게 사용되는것을 알수 있음)와 비교해봤는데
기승전 풉 짧은 것들은 안됨.
(하..... 지금까지 짧은것가지고 한것도 서러운데.....  ㅠ.ㅜㅋ)

여튼.. 모 검증은 해봐야하는거고 이 논문에는 RT-PCR해서 polycistronic 검증을 하긴했는데 좀더 확인해봐야 할것 같고..
새로운것 찾았다고 하고싶은 분들은 Iso-Seq 관심가지고 해보시는것도 나쁘지 않을것 같습니다.

근데 왜 너는 PacBio 관계자도 아니면서 PacBio로 실험한 논문 소개 하냐?

제 비록 제가 몸담고 있는 곳에는 PacBio가 주력이 아니지만
저는 언제나 연구자분들이 좀더 멋진 연구를 하실수 있도록 아낌없이
조언을 해드리고자 고심하는 연구자아니깐요 (캬~ 멋있다)

화요일, 2월 19, 2013

Ensembl Fungi gtf Summary



Ensembl에서 제공하는 Fungi의 gtf 정보를 사용하여 Summary 해보았습니다.

2주전부터 올릴려고 하고 있었는데 bug 및 계산 착오로 인해서 몇번 수정하느라 늦었습니다. 조만간 업데이트 할 예정입니다. :)

Name (Ensembl)
Total Gene
Exon / Gene
Total Transcript
Exon (bp)
Intron (bp)
CDS (bp)
Max
Median
Min
Max
Median
Min
Max
Median
Min
Ashbya gossypii (ASM9102v1)
5189
1.053
5189
14700
1098
1
666
61
1
14697
1215.0
75
Aspergillus clavatus (CADRE)
9452
3.001
9452
14778
250
2
2397
63
7
24606
1239.0
126
Aspergillus flavus (JCVI-afl1-v2.0)
13875
2.776
13875
14742
258
3
8254
62
8
23289
1056.0
147
Aspergillus fumigatusa1163 (CADRE)
10160
2.886
10160
14778
267
2
2678
61
8
24780
1218.0
63
Aspergillus fumigatus (CADRE)
9898
2.887
9898
25548
272
2
3092
60
1
25545
1245.0
63
Aspergillus nidulans (ASM14920v1)
10827
3.299
10827
18015
245
1
3570
61
1
21642
1236.0
27
Aspergillus niger (CADRE)
14445
3.523
14445
13734
175
1
2702
69
1
21105
1086.0
30
Aspergillus oryzae (CADRE2)
12388
2.885
12388
14742
248
2
2753
62
1
20655
1114.5
300
Aspergillus terreus (CADRE)
10601
3.142
10601
13746
258
1
1425575
59
14
17526
1260.0
147
Botryotinia fuckeliana (BotFuc Aug2005)
16727
2.604
16727
12278
189
1
7371
75
22
20424
744.0
87
Fusarium oxysporum (FO2)
18066
2.670
18066
13941
286
1
2370
59
4
22593
1014.0
3
Gaeumannomyces graminis (Gae graminis V2)
14771
2.649
14963
16454
364
1
9098
88
4
19899
1041.0
96
Gibberella moniliformis (ASM14955v1)
14602
2.730
14621
22425
300
1
989
58
22
22647
1056.0
84
Gibberella zeae (ASM24013v2)
13696
2.767
13697
29066
280
1
975
56
1
33591
1098.0
87
Glomerella graminicola (GCA 000149035.1)
12436
2.685
12436
26808
276
1
2183
64
10
26805
1158.0
93
Komagataella pastoris (GCA 000027005.1)
5228
1.111
5228
14853
1053
2
903
63
10
14850
1188.0
135
Leptosphaeria maculans (ASM23037v1)
12765
2.781
12765
20704
215
3
5775
64
40
29229
999.0
99
Magnaporthe oryzae (MG8)
13218
2.726
13382
18290
361
3
2120
89
5
19623
1083.0
102
Magnaporthe poae (Mag poae ATCC 64411 V1)
12389
2.720
12555
14426
407
2
2101
88
21
18789
1005.0
93
Melampsora laricipopulina (GCA 000204055.1)
16828
4.739
16828
16603
150
1
35273
80
10
15816
900.0
102
Nectria haematococca (v2.0)
16092
3.031
16092
22950
281
1
8864
55
11
22947
1233.0
147
Neosartorya fischeri (CADRE)
10805
2.912
10805
14781
261
2
1506
59
8
18807
1221.0
90
Neurospora crassa (ASM18292v1)
10413
2.644
10432
15030
260
1
1274
85
32
32460
1212.0
87
Phaeosphaeria nodorum (ASM14691v1)
12678
2.626
12678
18212
295
1
1744
56
14
21135
1044.0
63
Puccinia graminis (ASM14992v1)
16481
4.293
16660
5473
176
1
1700
86
21
15642
924.0
87
Puccinia triticina (ASM15152v1)
13330
3.859
13330
8664
168
1
3818
83
15
14283
912.0
147
Pyrenophora teres (GCA 000166005.1)
11958
2.484
11958
9963
310
5
5050
54
21
29457
1143.0
150
Pyrenophora triticirepentis (GCA 000149985.1)
12387
2.638
12387
14088
303
3
2108
57
23
29079
1107.0
117
Saccharomyces cerevisiae (SacCer Apr2011)
7126
1.060
7126
14733
951
1
2483
100
1
14730
1075.5
48
Schizosaccharomyces pombe (ASM294v1)
7018
1.764
7019
14362
565
2
2526
56
1
14772
1134.0
72
Sclerotinia sclerotiorum (ASM14694v1)
10413
2.756
10413
17212
183
1
1494
79
24
20313
819.0
84
Sporisorium reilianum (GCA 000230245.1)
6803
1.452
6803
15883
843
1
2252
87
1
16272
1473.0
75
Trichoderma virens (ASM17099v1)
12698
2.865
12704
61919
297
2
9208
68
10
62673
1140.0
132
Tuber melanosporum (ASM15164v1)
7727
3.786
7727
25158
272.5
6
31660
63
9
28635
1077.0
30
Ustilago maydis (UM1)
6690
1.732
6690
16296
549
1
1122
95
19
16293
1503.0
60
Zymoseptoria tritici (MG2)
11075
2.591
11075
12888
298
2
42135
62
11
13839
1068.0
147