Tuesday, March 28, 2017

Resolving the Complexity of Human Skin Metagenomes Using Single- Molecule Sequencing


Yu-Chih Tsai et al. mBio 2016; doi:10.1128/mBio.01948-15


동부(Bethesda)와 서부(Pacific Biosciences)의 콜라보 논문
그러나 이참에 Cell 한번 마음대로 써보자 하지 않았다는게 의외의 포인트 (제길.. 놀려줄게 없어 ㅠ.ㅜ)

사람의 피부조직 중 6군데에서 샘플을 채취하는데 보여줄때는 크게 팔 (3군데)과 발 (3군데)를 샘플링을
해서 SMRT와 HiSeq 시퀀싱

- 니네 반복없니? 반복은 너님들이나 신경쓰는 거 Orz

근데 팔쪽 SMRT가 폭망해서 Human 필터링 하니 20M정도 나왔다는거 제외하고는 HiSeq과 발 SMRT는 잘 나와줘서 하단의 멋진 Figure 시전. ㅠ.ㅜ



디스플레이 하나는 이쁘게 잘하네.. ㅠ.ㅜ
간단히 얘기해서 HiSeq으로는 못잡는거 있다(물론 그 반대도 있다는게 함정이지만..).
그래서 HiSeq이 위대하긴 했는데 SMRT로도 HiSeq하는거 확인 할 수 있고 어떤 부분에서는 더 정확하게 표현해 줄 수 있다라는 것을 여지없이 보여주고 있습니다(상단 그림에서 D 파트 되겠습니다).

그리고 이 논문에서 저자가 참고할만한 Figure는 바로 이것!


현재 iHMP의 Assembly SOP의 tools은 SOAPdenovo인데 음.. 이거 봐서는 SPAdes도 나쁘지 않다고 생각되네요..
Long read있다고 어설프게 Hybrid 한다고 깝치지 말고 HiSeq으로 SPAdes 도 나쁘지 않겠네라는 본인 생각 되겠습니다.
대신 속도는 확실히 SOAPdenovo가 빠릅니다.

논문 결론은 당신이 알고 내가 알고 있다 싶이 SMRT 자랑되겠습니다.
근데 문제는 효율이 좋아져서 그냥 자랑질이 아니라는게.. Orz
쓰고 싶은데 돈이 없어.. ㅠ.ㅜ

그래서 우리는 SMRT랑 HiSeq으로 박테리아 말고 바이러스랑 곰팡이도 같이 봤고 덤으로 Corynebacterium simulans라는 균은 closed genome서열도 확보도 할 수 있다능!
물론 TSLR이라는 일루미나라는 기술도 있지만 증폭해야되서 bias가 예상되는데 우리 SMRT는 증폭-Free라서 괜찮음(물론 이건 님들 의견, 물론 나한테는 반박 자료가 없다는게 현실 ㅠ.ㅜㅋ)

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