Tuesday, February 14, 2017

A5 pipeline


논문: An Integrated Pipeline for de Novo Assembly of Microbial Genomes

다년간 Non にんげん  denovo aseembly를 하다보니 별별 라이브러리 조합을 만나 봤는데
A5 파이프라인이 이 별별 라이브러리 조합에서 의외로 괜찮은 성능을 보여주는 관계로
다른 좋은 파이프라인이 있지만 라이브러리 조합이 내맘같지 않을때 한번 써보시라고 소개글 하나 투척

A5 (aka Andrew And Aaron's Awesome Assembly pipeline)
>DOWNLOAD<

대게 short read의 경우 SOAPdenovo, ALLPATH-LG 결과에 SSPACE로 스캣폴딩이
일반적인데 이게 내가 직접 라이브러리 디자인을 못할 때 뜬금없는 라이브러리 조합으로
시퀀싱 데이터를 영접할 때에 의외로 성능이 안나오셨을 때가 있으실겁니다.

고갱느님께서 나는 시퀀싱을 했으니 complete sequence를 내놔라.
어차피 complete sequence 안나오는거 앞뒤없이 complete 외친 분 제외하고는 다 압니다. ㅎㅎ
걱정마세요.

너님이 named가 아니라서 못하는것이니 노오오오오오오력을 해라
라는 말만 되풀이 하시니 어쩌겠습니까 일단 해야죠  ㅋㅋ :)

이때 사용할 만한 파이프라인 되겠습니다.

물론 complete 안되는게 이 파이프라인 돌리면 complete가 된다는 건 아닙니다.

그나마 SOAPdenovo/ALLPATH-LG에서 돌리는것보다는 상대적으로
통계치가 우수해집니다. 절대적으로 이 결과가 좋다는 아닙니다.
N50 개수 줄고 Max Length 조금 길어지고.. 모 그정도..
(그리고 언제나 A5 결과가 SOAPdenovo, ALLPATH-LG보다 좋다는것도 아님을 밝힘 ㅋ)

중간에 SGA써서 SGA셋팅이 최적화되어 있다면 문제 없는데 SGA를 위한 셋팅이 안되어 있다면 시간은 좀 오래 걸릴 수 있습니다.

본인의 경우 그냥 돌려놓고 당분간 까먹고 있으면 결과는 나오더라구요.

최근에 하나 돌릴게 있어서
문뜩 생각나서 소소하게 A5 파이프라인 글 올려봅니다.

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