Friday, October 07, 2016

rRNA database 간단 비교

근래 microbiome데이터를 다루면서
16s rRNA db 사용에 대해서 확인을 하고자
데이터가 꽤나 많은 그리고 non-academic의 경우 fee도 지불하는 silva를 qiime의 default db인 greengene과 한번 비교를 해봤습니다.

rdp말고 왜 silva를 비교했느냐?
rdp는 qiime에서 사용가능한 format으로 데이터를 제공안해서
그냥 테스트로 하는건데 format 변환하는거마저 신경을 쓰기에는
좀 귀찮아서 qiime용 format을 제공하는 silva를 사용하였습니다.

모 별거 없습니다. ㅋ

GreenGeneSilva 119Silva 123
Kindom
2
3
3
Phylum
90
95
113
Class
249
480
602
Order
405
1,468
1,686
Family
514
3,123
3,670
Genus
1,816
8,056
9,835
Species
1,651
31,337
42,974
Sum
99,322
173,838
251,764

위의 GreenGene는 qiime 설치시 함께 따라오는 기본 파일을 사용했고, silva는 silva측에서 qiime format으로 제공하는 데이터중 SSU 파일입니다.
리눅스에서 cut 명령어로 -d, -f 옵션을 사용해서 unique한것을 세어본것입니다.

GreenGene과 silva의 차이점은 GG는 archaea, bacteria만 있고, silva는 Eukaryota가 함께 있다는.. silva는 엄연히 따지자면 16s/18s를 모아놓은 것으로 생각하시면되겠습니다. :)

그리고 마지막에 Sum의 의미는 이 rRNA db를 이루는 classified/unclassified 되는 species(?)의 unique 개수입니다.
이 unique 개수가 많으면 좋을 것 같은 느낌이 본능적으로 딱 오죠?

근데 말입니다.

숫자가 크다고 다 좋은것일까요?

GG와 silva에서 큰 차이점이 GG의 경우 unclassified로 분류되는 항목은 딱 하나씩 포함되어 있습니다. (그 이유는 숙제~!!)
대신 silva에는 unclassified와 같은 부류인 아직 의미가 없는 즉 정보가 없는 항목들이 다수 포함되어 있다는것입니다. unclassified, uncultured, unknow....

무엇이 우월하다 좋다 말하기는 어렵습니다.
분석 툴에 따라 궁합이 맞는 db가 존재하기 마련이고 또 목적에 따라 db는 변화해야하기에
GG는 더 curation을 했으니 좋은것이다 혹은 silva가 더 seq정보가 많으니 좋은거다라는
것은 지양하고 결국 각자가 알아서 잘 사용하면 된다능.. :)

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