Tuesday, October 25, 2016

PacBio SMRT Portal 설치


우선 서버사양은 Dell Workstation인데
CPU대비 메모리가 풍족해서 아직 메모리로 문제가 된적은 없는
Ubuntu 16.04.1 LTS 로 생정보하는데 필요한 프로그램이 설치되어 있고
관련 라이브러리가 설치된 조건하에서
SMRT Portal 설치를 시도하였고 전혀 Error없이 설치!! :)

SMRT Analysis Download 페이지에서 하단의 run 파일 두개 다운로드
무조건 2개 모두 다운로드!!

설치필수파일: smrtanalysis_2.3.0.140936.run
패치파일: smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run

다운로드 후에
smrtanalysis 유저와 동일한 이름의 유저그룹도 생성한 후 설치 진행하시면되겠습니다.

$su -l smrtanalysis
$bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run -p smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p4.run --rootdir
 /path/to/smrtanalysis

설치에 필요한 프로그램들 번들로 설치하고 기존에 mysql 서버 사용중이라도 영향을 미치지않게 포트도 별도로 사용합니다. tomcat의 경우는 기존에 설치되어 있는 서비스가 있다면 영향을 미칠지 명확하지는 않습니다.(아마 포트를 변경해서 영향이 최소화되도록 진행될것 같습니다.)

설치 후 localhost가 아닌경우 방화벽 포트 열어주시면 웹페이지로 접속하여
멋있는 SMRT portal home 화면을 보실수 있으실겁니다. :)
ufw allow [설치할때 보였던 port들]

참고문헌 [Installation SMRT Portal]

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