Saturday, June 25, 2016

pie charts 어디까지 그려봤니? Krona

요즘 논문 낼때 고퀄의 figure들은 이제 당연한시대에 살고 있는데
나도 그런 고퀄 figure만들어보고 싶은데 잘 안된다.
네 저도 힘듭니다. 근데 다들 하니 저도 하는거죠
그 중에 독보적인 것은 circos이죠 ㅋ
그리고 pie chart를 좀 이쁘게 그리고 싶을때 사용하는것이 이것
Krona (OMIC-TOOLS에도 소개 되고있습니다.) 되겠습니다.

설치는 모 그닥 어렵지 않습니다.

Krona github가셔서 다운로드 받고 압축풀면 그걸로 끝입니다.
다만 Krona의 경우 metagenomic의 visualization을 위해서 만들어져 있는 관계로

taxonomy정보를 만들어줘야 합니다.
물론 Krona에서 해당 작업을 해주는 스크립트가 존재하니 걱정하지 마시기 바랍니다.
거기다 taxonomy 정보는 unique하고 찾기 힘든 data가 아닌 ncbi taxonomy정보입니다. 걱정마세요 :)

사용법은 제가 BLAST output을 사용한 pie charts 밖에 그려보지 않아서
Krona중에 ktImportBLAST밖에 사용해보지 못해서 말씀드릴게 별로 없네요 ㅎㅎ
-설명서를 잘 보시면 EC 카테고리별로도 pie chart를 작성할수도 있습니다.


다음은 제가 그냥 편할려고 만든 bash입니다.
#!/bin/bash

BLASTN=/path/to/ncbi-blast-plus/bin/blastn
KRONA=/path/to/Krona/bin/ktImportBLAST

ARGS=2

if [ $# -eq "$ARGS" ];
then

        $BLASTN -query $1 -db blast_database -outfmt 6 -num_threads 8 -evalue 1e-5 -out $2.outfmt6.blastn
        $KRONA -o $2.html $2.outfmt6.blastn
else
        echo "krona_BLAST.sh query.fa prefix_name"

fi
exit 0

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