Saturday, July 04, 2015

Bowtie index 생성이 잘 안된다면..


오랜만에 글씁니다.

요즘 NGS다 모다 때문에
Bowtie이 BWA이 모 이상한 aligner?mapping tool 많이 쓰시고 있죠?
(예, BLAST나 BLAT하나면 다 되던 때가 저도 그립긴 합니다. ㅋ)

근데 요녀석을 하려면 BLAST처럼 db같은거 index를 만들어 줘야합니다.
왜냐고요? 아 몰랑 검색하시면 다 나옵니다.

근데 요녀석들이 그냥
명령어 치면 다 만들면 괜찮은데
가끔씩 말 안들을 때 있습니다.

그럴땐 어떻게 해야 하나..
(서버 때려봐야 내 발만 아프고 여차하면 수천 깨집니다. 보스한테 쫓겨날수도 있고요 ㅋ)

bowtie-0.X.X인 경우 debug 프로그램이 없는듯한데
bowtie-1.X.X인 경우 bowtie-build-[l/s]-debug가 있습니다.
이거 돌려보시면 index가 정상적으로 생성되지 않는 이유를 알 수 있습니다.

그럼 그냥 늦은 밤 간만에 글 써봤습니다. :)

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