Thursday, May 29, 2014

BLAT에서 protein 서열 비교하기

새로운 것을 얘기하는건 아니고...
다들 알고있는거 기록용도로 남겨두려고 끄적끄적합니다. :)

Kent옹께서 창조하사 현재 널리 사용되는(나만 쓰나..;;;)
BLAT의 경우 blast와 달리 db를 따로 안만들고 db/query의 format가 fasta이기만 하면
문제없이 작동된다는 장점이 있는데...

db/query가 서로 같으면 문제가 없지만 다른 경우 잘 동작 안하는 수가 생깁니다.
물론 메뉴얼에 잘 나와있지만.. ㅎㅎ


DNA-DNA (DB-Query)
>blat db.fa query.fa output.psl

Protein-Protein
>blat db.fa query.fa -prot output.psl

DNA-Protein
>blat db.fa query.fa -t=dnax -q=prot

Protein-DNA
>blat db.fa queyr.fa -t=prot -q=dnax

-t는 database, -q는 query를 나타냅니다.
dnax/rnax는 해당 서열을 translated해서 비교하겠다는 것입니다.
rnax 옵션은 저도 오늘 확인하면서 본건데... query쪽에만 있네요. 모 굳이 db쪽에도 rnax옵션이 있을 필요는 없어보이니.. :)
(blat에는 blastx와 같은 기능은 없는듯 합니다. tblastn만 지원하는듯...)

그리고 BLAT은 zero-based. 할때마다 찾아봐야 한다능...;;; 제길

No comments: